慢性乙肝病毒感染是肝臟疾病進展的關鍵因素，可以導致肝功能不全、肝硬化和肝細胞癌。抗病毒治療旨在抑制或消除HBV複製，減少肝炎活動，從而減少或減緩肝臟疾病的進展。
核苷(酸)類似物可快速抑制HBV複製，使血清轉氨酶正常化，恢復肝功能，從而延長肝功能失代償患者的生存週期。長期核苷(酸)類似物治療可改善肝組織學，逆轉肝纖維化，減少疾病進展。
干擾素(IFN)-α治療可帶來長遠利益，包括持續和累積的病毒學反應、乙肝表面抗原(HbsAg)血清清除以及減少肝硬化和/或肝癌的發生。
聚乙二醇化干擾素(PEG-IFN)和更新的Nucs藥物的長期效果可能更好，因為它們的功效已經得到改善，且產生耐藥性的風險較低。但是這些藥物的療效還遠遠不能令人滿意。
另外，對於肝癌切除或肝移植術後HBV治療對肝癌發病率和復發的影響，仍需要進一步的研究探討。
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