反覆自然流產的病因很多，解剖異常佔10％，主要是凡影響子宮血運、影響內膜著床的準備均將造成流產。
患子宮先天畸形是常見的早期流產的原因。子宮畸形包括子宮縱隔、單角子宮、雙角子宮等，造成宮腔小，不能擴張以適應胚胎髮育而排出，著床在子宮縱隔上血運差，不適宜於胚胎髮育。宮頸先天發育異常，或因早孕期人工流產的創傷，使宮頸口鬆弛，不能承受胎兒增大時的宮腔內壓力而導致流產。
近年來由於宮腔內操作增多，造成創傷形成宮腔粘連明顯增多，使宮腔變形，重時影響著床與胎盤的形成而造成早期流產。子宮肌瘤在婦女中的發生率高，粘膜下肌瘤大時堵塞宮腔影響著床導致流產。
子宮畸形可以行整形術，子宮肌瘤可以行子宮肌瘤摘除術或超聲聚焦刀治療，宮腔粘連可在宮腔鏡下分離，宮頸內口鬆弛者，應在妊娠16-20周行宮頸內口環扎術。
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