反覆自然流產的病因很多，內分泌因素10％。排卵後形成黃體分泌黃體酮，使內膜變為分泌期準備孕卵著床。若黃體酮分泌不足，內膜分泌期準備不足，影響胚胎早期發育，將導致流產。
習慣性流產的內分泌原因以黃體功能不足為最常見。黃體功能不足多見於多囊卵巢綜合徵、子宮內膜異位症、誘發排卵效果差與甲低的孕婦。胰島素依賴性糖尿病患者，由於血管病變可影響子宮血運，影響胚胎髮育。
黃體功能不足者可通過誘導排卵，黃體期用HCG或口服黃體酮增強黃體功能。甲狀腺功能低落時也易流產，補充甲狀腺治療即可，見較為少見。
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