首先功能性便祕可分為：
第一種型別：慢傳輸型便祕
第二種型別：出口梗阻型便祕（盆底失遲緩綜合徵，盆底鬆弛綜合徵）
第三種類型：混合型便祕（同時存在結腸慢傳輸和盆底失弛緩）
1、慢傳輸型便祕的治療：結腸（全消化道）動力不足；80％以上的慢傳輸型便祕病人的結腸動力不足與刺激性瀉藥的濫用相關，治療原則主要是以一些無副作用的藥物或治療手段促進腸道動力，逐漸的停止瀉藥的使用，消除由刺激性瀉藥引發的腸道動力損害；機體本身有恢復的可能，中間必要時可以應用一些洗腸，藥物洗腸，灌腸等手段；其餘的20％慢傳輸型便祕病人如果通過保守的促動力治療效果不明顯，可以謹慎的採取手術治療；切除動力不足的腸段或全結腸；
2、出口梗阻型便祕的治療：盆底肌肉的功能紊亂，大致可分為盆底失遲緩和盆底鬆弛，盆底肌肉失遲緩的意思是失去了放鬆的功能，這種型別的病人往往表現為排便非常用力，扁條阻塞於肛門口，一旦通過用力排便將便條排出，便條一般非常細，甚至呈便條形或片狀，同時便不盡，小腹脹痛不適；盆底鬆弛就是盆底支援結構（肌肉）的鬆弛，一般在體徵上表現為直腸粘膜的內脫垂內套疊、會陰下降、內臟下垂，症狀表現為肛內或陰道內下墜感明顯，排便排氣費力，咳嗽時尿失禁；那麼這種有盆底肌肉功能異常導致的便祕可通過盆底肌的康復鍛鍊來進行治療，目前效果最為理想的就是電刺激與生物反饋的治療手段；它的主要治療原理是通過不同引數設定的電流刺激盆底的肌肉群，使過緊或過鬆的肌肉恢復正常的張力或活動度，減輕症狀，其次通過鍛鍊增強肌肉的力量、運動穩定性、耐力、協調性等，恢復正常的排便生理。
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