以手術治療為主。根據不同的病情選擇不同的治療方案：
1、周圍型肝內膽管結石，無明顯症狀，無需手術治療。
2、肝左葉膽管結石，肝外膽管無擴張也無結石，宜施肝左外葉切除術，保護並顯露左外葉膽管匯合部，並經匯合部切開取出左內葉膽管結石，再修復匯合部的膽道。不必探查膽總管。
3、合併肝總管結石和膽道擴張者，切開膽總管探查取石。術中用膽道鏡取石，也可以用Fogarty導管取肝內膽管結石，留置合適T管引流。術後半月行B超和T管造影，判斷有無結石殘留。如有的話，應該在手術6周後再用膽道鏡取石。
4、合併肝門部膽管(1級)狹窄者，應於術中顯露肝門部左右肝管，切開狹窄處，解除狹窄，取出結石，行肝門膽管空腸Roux-en-Y吻合術，同時切除膽囊。
5、右半肝內膽管結石合併肝萎縮，而左半肝正常者，可切除萎縮的右半肝。
6、全肝內膽管充滿結石，根本無法取淨，且肝功能損害有生命危險者，可考慮肝移植。
7、合併肝內膽管炎時，應積極應用抗生素，控制感染。重症感染時，也應手術探查膽道，解除梗阻，取石並引流治療，條件許可者也可同時去除病灶。
肝內膽管結石目前各種治療方法尚不完全滿意，主要是因為結石殘餘率高，再手術率高，較肝外膽管結石治療難度大，不容小視!
注：此資訊源于網路收集，如有健康問題請及時咨詢專業醫生。