慢性上腹痛或上腹部飽脹不適的病人，就診時常常都診斷為“慢性胃炎”，其實這些病例可能是真正的慢性胃炎，也可能是功能性消化不良、胃食管反流病、慢性膽胰疾病、慢性心肺疾病或肋軟骨炎等，其中慢性胃炎與功能性消化不良兩者最難區別。
病因不同
慢性胃炎是胃的器質性病變，也就是說有胃確實是有病變，常表現為粘膜糜爛或萎縮，胃鏡診斷多為“慢性淺表性胃炎”、“糜爛性胃炎”或“萎縮性胃炎”，其病因多為幽門螺桿菌感染所致;而功能性消化不良，胃其實並沒有真正的病變，常常是因為“胃嬌氣”所致，胃鏡檢查一般是胃粘膜充血水腫，也多診斷為“慢性淺表性胃炎”，其病因多與與胃感覺功能異常、胃動力障礙、腸胃反流、心理精神因素、胃黏膜炎症、內臟過敏、迷走神經張力低下等有關。許多病人到處看病，可能都是過於敏感所致胃的不適。
臨床表現不同
慢性胃炎與功能性消化不良均可表現為上腹部(心窩處)隱痛不適，燒灼感，早飽或餐後飽脹感，心窩處常有壓痛。從症狀上很難區分兩者的不同。但胃鏡檢查和內鏡下病理活檢組織學檢查是有差異的：功能性消化不良一般只有胃粘膜充血水腫，病理活檢粘膜常只有淋巴細胞浸潤，表現為胃粘膜的慢性炎症;而慢性胃炎胃鏡下常有糜爛病變，或粘膜變薄，結節不平，病理活檢粘膜常有中性粒細胞浸潤，表現為慢性粘膜炎伴急性炎或活動性炎，也可有萎縮性胃炎或腸上皮化生。
治療不同
功能性消化不良引起的上腹部不適，胃並沒有真正的病，只是病人感覺難受，敏感性過高或胃過於嬌氣，其實檢查並無明顯病變，因此治療上以以對症為主，實行個體化原則。藥物治療應視情況而定，患者多在門診接受治療。需強調對患者解釋病情，避免緊張和顧忌加重病情。建議忌菸酒或辛辣刺激食物，少食多餐。精神因素明顯者可給予心理和行為治療，如果總是懷疑自己有病也可找權威醫院和權威醫師作一綜合判斷，確實無大礙就應放心，正常的工作和生活。也可通過轉移注意力的方式減輕患者對自身症狀的關注。
慢性胃炎與功能性消化不良不同，有明確的病因和胃粘膜的損傷，因此治療上要對因治療，目的是消除引起胃炎的病因、增強胃黏膜防禦、控制臨床症狀。由於幽門螺桿菌是引起慢性胃炎主要病菌，因此針對該菌的抗菌治療，根除幽門螺桿菌，防止病變復發，同時需要保護胃粘膜的藥物。對於萎縮性胃炎或腸上皮化生的病例，還要進行病理組織學評估其癌變潛能，確定隨訪複查的方案。
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