一、一般處理
調整生活方式，消除患者不必要的擔心，症狀可能有所減輕，並非都需要藥物治療。飲食調整：避免攝入引起腹部不適的事物，如高脂肪飲食、咖啡、辛辣食物、酒精等。某些潰瘍樣FD停止或減少酸性食物的攝入;對動力障礙型消化不良，進食易消化的飲食，可能會減少症狀。
二、藥物治療
FD 患者的治療主要是對症治療，用藥要個體化。
1、促動力藥。胃腸運動障礙是FD ，尤其是運動障礙型FD 的發病的主要原因，所以促進胃腸動力成為治療FD的主要治療方法。促動力劑包括胃復安、嗎丁啉、莫沙必利和依託比利等。前兩者是多巴胺受體拮抗劑。
①胃復安：可通過血腦屏障，長期服用引起錐體外系症狀，臨床應用受到限制，現已少用;
②嗎丁啉：直接作用於胃腸道多巴胺受體，促進胃排空，增加胃竇幽門十二指腸協調運動，由於不透過血腦屏障，錐體外系不良反應小。用法：10～20mg ，3～4 次/日，進餐前30 分鐘和/ 或睡前服用。
③莫沙比利、依託比利等，1~2片/次，每日3 次，口服。
2、鎮靜劑或抗焦慮抑鬱治療。FD患者比健康人、消化性潰瘍及膽囊病患者更具焦慮、抑鬱、疑病症及神經質，必要時可給予適量的鎮靜劑或抗焦慮及抑鬱治療。抗焦慮治療用佳樂定2mg，每晚1 次或每日3 次，焦慮症狀緩解後即可停藥。
頑固性FD患者，可用選擇性5 - 羥色胺再攝取抑制劑(SSRI) 如賽樂特或百憂解20mg ,每日1 次，連續服用4～6 周後可使消化不良症狀積分較治療前顯著減低;多慮平25 ～100mg/ 日;黛力新，第一週，1 片/ 日，早晨服用，如效果不佳，改為早晨、中午各一片，均可使FD患者焦慮症狀減輕;應連續服藥3～ 6 個月, 然後逐漸減量至停藥。
3、抑酸藥。有H2 受體拮抗劑及質子泵抑制劑(PPI)。雖然目前認為FD患者無胃酸分泌增高，但大多數醫生仍用抑酸劑治療，主要用於上腹痛綜合症。H2受體拮抗劑主要有西咪替丁、雷尼替丁、法莫替丁，標準劑量每日2次。PPI 對潰瘍樣症狀者療效可能優於H2 受體拮抗劑。常用的PPI 有奧美拉唑10～20mg ，每日1次，或蘭索拉唑30 mg ，每日1次。
4、抗Hp 治療。國內外有報道根除Hp與未根除Hp 的FD 患者相比，症狀積分明顯低。但對FD 患者根除Hp
治療並無很強的適應證，在其他方法療效不佳時可試用。根據中華醫學會推薦的根除Hp的治療方案，可選用三聯療
5、粘膜保護劑。常用的有硫糖鋁、膠體鉍、思密達等。通過保護胃粘膜屏障功能而緩解FD 症狀。
6、中醫中藥。四逆散，加味逍遙丸，舒肝理氣丸，保和丸等均對FD症狀有所減輕，與西沙必利比較效果相近。鍼灸中脘、足三裡、內關、合谷、胃俞、脾俞、關元、天樞等穴位可使胃排空加速。中醫中藥在在治療FD上還有很大潛力!
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