胰腺炎發病後的前兩週內的死亡原因多為全身炎症反應綜合症（SIRS）和多器官功能衰竭（MODS），而晚期則主要死於壞死性胰腺炎的併發症。
病理生理過程及治療膽源性胰腺炎的發病機理仍未明。一些研究表明，結石可能壓迫遠端膽管和胰管之間的組織進而導致胰管阻塞，或者引起共同通道（Vater 壺腹）阻塞使膽汁反流入胰管。這兩種機制都可能導致胰管壓力增高。
胰管阻塞將導致膽汁、胰液反流，胰管高壓和腺泡細胞的異常分泌，並進一步導致胰管損傷、胰酶釋放至腺體間質內，使胰腺自身消化從而觸發胰腺炎。並非所有伴胰管阻塞的慢性胰腺炎患者都會急性發作，因此，急性”堵塞可能是急性胰腺炎發生的重要因素。
不考慮刺激性因素，50％ 以上的急性胰腺炎與直徑≤5mm 的小結石從膽道排出有關。85％~95％ 的急性胰腺炎患者糞便中能發現結石，這在活動性膽結石（不伴胰腺炎）患者中的比例為 10％。分析 20 世紀 80 年代胰腺炎患者的手術病例可發現，入院後 48 小時內接受手術治療的患者中，63％ 伴膽管結石，78％ 伴壺腹結石。
曾經有人提議，早期經 ERCP 行括約肌切開術（EST）、取出梗阻結石有助於改善胰腺炎病程。事實上，膽汁引流對於某些患者至關重要。然而，不同的臨床研究結果顯示 ERCP 在胰腺炎中的價值各異，因而，內鏡醫師面臨的問題是如何選擇那些能夠從 ERCP、EST 獲益的患者。
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