治療牙周病，必需先對牙周組織的狀況及破壞程度先作一番瞭解與評估，通常包括全口牙根尖，X光片及牙周袋深度測量等，評估完後才能擬定治療計劃。通常牙周病的治療分四期：
治療初期：超聲波清洗以去除菌斑、牙石，牙周袋深部結石的刮除及牙根整平術，去除不良物、咬合干擾等。
手術：一個月後，比較嚴重的患部，尤其牙周袋較深之處，需做牙周翻瓣術，方能徹底將結石及病變組織清除。牙周手術是一種區域性而又安全的手術，在牙科門診即可施行。區域性麻醉下，將牙齦稍微翻開，牙周深部的結石、肉牙組織徹底清除，若有骨損失，可配合放置“牙周再生膜”及“人工骨粉”使破壞的骨組織再生，達到積極重建牙周組織的目的。
鬆牙固定及修復治療期：對鬆動牙進行固定，修復缺失牙，維持牙列的完整性。
維持期： 在經歷上述的治療後，通常花了三個月至半年的時間，投注了這麼多的時間與心力，維持成果是極其重要的。除了要永久不間斷地做自己做好口腔清潔外，應依醫師指示定期作全口超聲波洗牙，並定期複診、檢查，以充分掌握牙周及口腔情況。
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