重症急性胰腺炎的病程有一定的規律性。全病程大體上可以分為3期。
1、急性反應期：
自發病至2周左右，以全身炎症反應為特徵，常伴有休克、急性呼吸窘迫綜合徵(ARDS)、急性腎功能衰竭和胰性腦病等主要併發症。
這個時期病人除腹痛、腹脹之外，還存在全身其他臟器功能的損傷，病人可表現為發熱、呼吸急促、呼吸困難、心率快、血壓下降甚至休克、少尿甚至無尿、消化道出血、煩躁、胡言亂語甚至昏迷等，這一階段的治療通常在ICU內進行，給予嚴密的監測和強有力的器官功能支援，部分病人需要氣管插管(切開)用呼吸機輔助呼吸，或需要血液淨化治療，還有少數病人需要急診手術。由於病程自身的發展，病人入院後病情仍可逐漸加重，甚至出現多臟器功能衰竭，部分病人可能在這一階段死亡，是重症急性胰腺炎死亡的第一個高峰。
2、全身感染期：
病人度過急性期後，全身情況逐漸好轉，會有短暫的“病情平穩”。但這時不能就認為胰腺炎已經治癒，這時病人或多或少存在胰周的區域性併發症，如：胰周積液、壞死感染、胰周膿腫、出血等。部分病人的區域性併發症不需要特殊的處理，可在嚴密觀察下自行吸收治癒，部分病人可經穿刺引流後治癒，部分病人因感染、膿腫、出血、腸瘻等併發症需要剖腹手術治療。
由於胰腺炎的特殊性，術後通常需要數月(甚至更長)的持續沖洗引流，一些病人可出現大出血、膿腫、腸瘻等併發症，有時需要多次手術治療，少數病人可出現真菌感染、多臟器功能衰竭，甚至死亡，這是重症急性胰腺炎死亡的第二個高峰。
3、殘餘感染期：
時間為數月以後，主要表現為全身營養不良，存在後腹膜或腹腔內殘餘膿腔。
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