慢性乙型肝炎治療主要包括抗病毒、免疫調節、抗炎和抗氧化、抗纖維化和對症治療，其中抗病毒治療是關鍵，只要有適應證，且條件允許，就應進行規範的抗病毒治療。但並不是所有的乙肝抗病毒治療都有效，需要有適應症，故要到正規肝病專科醫院進行。
一、抗病毒治療的一般適應證
(1) HBeAg 陽性者，HBV DNA ≥105 拷貝/m l(相當於2000 IU/mL);HBeAg陰性者，HBV DNA ≥104 拷貝/m l(相當於2000 IU/mL);
(2) ALT ≥2×ULN;如用干擾素治療，ALT應≤10×ULN，血清總膽紅素應<2×ULN;(3) ALT <2 ×ULN，但肝組織學顯示Knodell HAI ≥4，或炎症壞死≥G2，或纖維化≥S2。
(4)對持續HBV DNA陽性、達不到上述治療標準、但有以下情形之一者，亦應考慮給予抗病毒治療
① 對ALT大於正常上限且年齡>40歲者，也應考慮抗病毒治療。
② 對ALT持續正常但年齡較大者(>40歲)，應密切隨訪，最好進行肝活檢;如果肝組織學顯示Knodell HAI ≥4，或炎症壞死≥G2，或纖維化≥S2，應積極給予抗病毒治療。
③ 動態觀察發現有疾病進展的證據(如脾臟增大)者，建議行肝組織學檢查，必要時給予抗病毒治療。
在開始治療前應排除由藥物、酒精或其他因素所致的ALT升高，也應排除應用降酶藥物後ALT暫時性正常。在一些特殊病例如肝硬化或服用聯苯結構衍生物類藥物者，其AST水平可高於ALT，此時可將AST水平作為主要指標。
二、抗病毒藥物
1、干擾素α治療
我國已批准普通干擾素α(2a，2b和1b)和聚乙二醇化干擾素α(2a和2b)用於治療慢性乙型肝炎。
2、核苷(酸)類似物治療
目前已應用於臨床的抗HBV核苷(酸)類似物藥物有5種，我國已上市4種。
①拉米夫定(lamivudine)：每日1次口服100mg拉米夫定可明顯抑制HBV DNA水平。慢性乙型肝炎伴明顯肝纖維化和代償期肝硬化患者經拉米夫定治療3年可延緩疾病進展、降低肝功能失代償及HCC的發生率。失代償期肝硬化患者經拉米夫定治療後也能改善肝功能，延長生存期。
拉米夫定不良反應發生率低，安全性類似安慰劑。隨治療時間延長，病毒耐藥突變的發生率增高(第1年、2年、3年、4年分別為14％、38％、49％、66％)。
②阿德福韋酯(adefovir dipivoxil)：慢性乙型肝炎患者口服阿德福韋酯可明顯抑制HBV DNA複製、促進ALT復常、改善肝組織炎性壞死和纖維化。治療5年時患者的累積耐藥基因突變發生率為29％、病毒學耐藥發生率為20％、臨床耐藥發生率為11％;輕度肌酐升高者為3％。
阿德福韋酯聯合拉米夫定，對阿德福韋酯的耐藥發生率更低。
③恩替卡韋(entecavir)：是一種強效快速抑制病毒複製的核苷類藥物，初治每日一片0.5mg。長期隨訪研究結果表明，對達到病毒學應答者，繼續治療可保持較高的持續HBV DNA抑制效果，且恩替卡韋耐藥率低，五年耐藥發生率約為1.2％。
④替比夫定(telbivudine)：亦能強效抑制病毒，其總體療效和耐藥發生率亦優於拉米夫定組。
替比夫定的總體不良事件發生率和拉米夫定相似，但治療52周和104周時發生3～4級肌酸激酶(CK)升高者分別為7.5％和12.9％，高於拉米夫定組的3.1％和4.1％。
⑤替諾福韋酯(tenofovir disoproxil fumarate)：替諾福韋酯與阿德福韋酯結構相似，但腎毒性較小，治療劑量為每日300mg，亦未發現耐藥變異。本藥在我國尚未被批准上市。
三、其它治療
1、免疫調節治療：免疫調節治療有望成為治療慢性乙型肝炎的重要手段，但目前尚缺乏療效確切的乙型肝炎特異性免疫療法。胸腺肽α1可增強機體非特異性免疫功能、不良反應小、耐受性良好，對於有抗病毒適應證，但不能耐受或不願接受干擾素或核苷 (酸) 類似物治療的患者，如有條件可用胸腺肽α1 1.6mg，每週2次，皮下注射，療程6個月。胸腺肽α1聯合其他抗乙型肝炎病毒藥物的療效尚需大樣本隨機對照臨床研究驗證。
2、中藥及中藥製劑治療：保肝治療對於改善臨床症狀和肝功能指標有一定效果。
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