消化道覆蓋著大面積的黏膜上皮，經過幾十年的技術積累，目前對於黏膜層的病變可以通過胃鏡、腸鏡、小腸鏡甚至膠囊內鏡進行精確診斷與治療，但是對於黏膜層之下來源的病變或者潛伏在黏膜層下發展的胃癌，則需要藉助於內鏡下超聲系統（EUS）進行明確診斷。胰腺癌也同樣需要完成超聲胃鏡檢查來判斷腫瘤大小、侵犯血管的情況等。因此，EUS之所以被稱為消化內鏡中的頂尖技術，正因為它將醫生的視線延伸至神奇的領地。
通常黏膜下病變包括食管平滑肌瘤、胃壁間質瘤、脂肪瘤、十二指腸囊腫等等，當患者在普通胃腸鏡檢查時會發現區域性有異常的隆起，表面較光滑，但具體是什麼層次，如何進一步治療，這都需要藉助於超聲內鏡檢查分辨病變的層次。往深處說，在食管壁外的縱隔內，在胃壁外的腹腔器官，用超聲內鏡檢查會減少腹壁、腸道氣體、肺部氣體的干擾，而獲得比普通彩超、甚至CT、MRI更直觀的超聲影像，因此遇到胰腺佔位、膽管結石、梗阻性黃疸、縱隔佔位等情況，超聲內鏡的診斷價值極高，必要時可以通過穿刺取得病理組織結果。
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