菌尿是一種常見的臨床症狀表現，並不是獨立的一種疾病，而引起菌尿症狀的疾病有很多，例如慢性反流性腎病、膀胱炎及尿毒症性心肌病等多種疾病。患者需要知道如何鑑別，這樣才能避免誤診的發生。
菌尿的鑑別診斷：
1、膿尿：膿尿即尿中有膿細胞。常見原因有特異性感染與非特異性感染兩類。非特異性感染包括腎盂腎炎、腎積膿、周圍膿腫破潰與腎臟相通、膀胱炎、尿道炎及附件器官炎症(如盆腔膿腫、前列腺炎或膿腫)。
2、血尿：血尿的原因約有40餘種，大多數為泌尿系本身疾病所引起，少數與全身及其它系統疾病有關。據國內一組統計資料，血尿常見原因的發病順序為：泌尿系感染、結石、腫瘤、前列腺增生、損傷、結核等。
3、氣尿：氣尿即排尿時尿中出現氣體，由氣腫性膀胱炎或氣性腎盂腎炎所致。氣腫性膀胱炎是膀胱壁或腔內有氣體存在的一種炎症，在糖尿病患者中發病率較高。
4、尿道綜合症：又稱無菌性尿頻―排尿不適綜合症。病人間歇或持續出現尿頻、尿急、排尿疼痛症狀，常以尿頻為主要表現。多為女性，但多次尿培養均無細菌。其病因尚不明確，但是有人認為，與尼龍褲、婦科炎症、過分焦慮、尿道動力學功能異常等因素有關。
5、隱匿性腎小球腎炎：此病以單純血尿或單純性蛋白尿為主。但有些病人會伴有白細胞尿，但這類病人給予相應的抗炎治療後，紅細胞尿、蛋白尿仍然持續存在。必要時可作腎活檢進行鑑別。
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