纖毛結構缺陷及清除功能障礙可導致中耳和耳咽管纖毛異常，可致慢性複發性中耳炎、鼓膜穿孔、耳流膿。根據患者的臨床表現和黏膜活檢可以確診。中耳為一含氣的不規則腔隙，大部分位於顳骨巖部內。中耳向外借鼓膜與外耳道相隔，向內與內耳道相毗鄰，向前借咽鼓管通向鼻咽部。通過耳鏡檢查，聽力檢查，X光檢查檢查其有無患中耳炎。容易混淆的疾病有哪些呢？
1、急性化膿性中耳炎
細菌進入鼓窒引起化膿感染，稱為急性化膿性中耳炎，多繼發於上呼吸道感染，可能部分病例初起為病毒感染，爾後細菌侵入。常見為溶血型鏈球菌、金黃色葡萄球菌、第Ⅲ型肺炎球菌和變形桿菌等。多見於冬春季節，有血液病、營養不良、變態反應及心肺病患者、腎炎、糖尿病者易於誘發。據統計，5～16歲學齡兒童發病率高達3%，5歲以下者高達5%～10%，有時可反覆發作多次。
2、繼發性纖毛障礙
原發性纖毛運動障礙應與繼發性纖毛柱狀上皮結構異常相鑑別,後者多繼發於感染、大氣汙染等因素,結構改變具有可逆性,以複合纖毛和微管缺陷多見。繼發性纖毛柱狀上皮結構異常多起病晚，有反覆感染及治療不正規等病史。因此纖毛活檢最好於抗感染4～6周後進行為佳。
3、囊性纖維性變
原發性纖毛運動障礙還應與囊性纖維性變鑑別,此病多見於白種人,亦為常染色體隱性遺傳,可引起鼻竇、肺部疾病及男性不育症。但其發病機制為黏液成分異常,因稠厚而很難被纖毛清除,尚有胰腺功能不全及汗液試驗陽性(汗氯升高),其病情相對重。
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