有明顯臨床症狀的肝膽管結石需要治療。對於症狀不明顯的靜止型結石是否需要治療，目前的意見尚未統一。鑑於隨病程演進和病變發展，多數病例將出現明顯症狀且有受累肝管惡變的可能，大多數專家主張對於靜止型結石也多主張積極手術治療或經皮經肝膽道鏡取石治療。
肝膽管結石的治療主要靠外科手術，原則是去除病灶，取盡結石，矯正狹窄，通暢引流，防治復發。針對肝膽管結石病複雜的肝內外膽道及肝臟病變有多種手術和非手術治療方法，應根據肝內膽管結石數量及分佈範圍、肝管狹窄的部位和程度、肝臟的病理改變、肝臟功能狀態及患者的全身狀況，制定針對具體病例的個體化治療方案並選擇合適的手術方法。
手術方法主要有4種：
(1)膽管切開取石術;
(2)肝部分切除術;
(3)肝門部膽管狹窄修復重建術;
(4)肝移植術。
隨著腹腔鏡手術技術的不斷完善和手術器械的逐漸改進，目前膽管切開取石術和部分肝葉切除術均可以通過腹腔鏡手術完成，通過腹壁3-5個0.5-1.0cm的小孔，將手術器械插入腹腔內即可完成手術。因為避免了“大刀口”，對腹壁損傷極小，具有創傷小、恢復快等優點。另外術中B超，膽道造影和膽道鏡的應用，對於採取正確的手術方式起著非常重要的作用。術中B超：能清晰判斷結石在肝內的分佈，引導取石，明顯降低殘石率。同時還能顯示出入肝臟的重要血管與病灶的關係，確定病灶範圍，從而引導肝切除。術中膽道造影：對了解膽道系統有無變異、避免發生膽管損傷和防治膽管內結石殘留有重要作用。術中膽道鏡：是當前治療肝膽管結石的重要方法之一，能明視膽管內病理狀況，辨別膽管結石、腫瘤和異物，觀察膽管黏膜病變，對可疑病變可取活體組織或脫落細胞做病理檢查。在鏡下用取石網籃、碎石器械和氣囊導管取石克服了常規器械取石的盲區，可提高取石效率，降低結石殘留率。
對於術中結石殘留的病例，可在手術後經T管竇道、膽道瘻道或膽管空腸吻合的皮下埋置盲襻進入膽管清除肝膽管內殘餘結石。對於復發結石可通過皮下盲襻用膽道鏡取石。經皮肝穿刺進行內鏡取石，也是治療復發結石的有效方法。
採用腹腔鏡、膽道鏡、十二指腸鏡三鏡聯合個體化微創治療肝膽管結石：腹腔鏡聯合膽道鏡不開刀微創治療肝膽管結石，創傷小、恢復快、結石取淨率達99％以上;對於年老體弱不能耐受手術的肝膽管結石病人，在結石阻塞膽總管時，可經十二指腸鏡取出膽總管的結石緩解症狀，提高病人的生存質量。
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