目前治療IBD的藥物主要有5類：氨基水楊酸、糖皮質激素、免疫調節劑、抗生素、生物製劑。
使用藥物治療IBD的主要目的在於誘導緩解(也就是消除症狀)和維持緩解(預防復發)。藥物的主要作用機理是控制腸道炎症。對於IBD患者，並沒有統一的治療方案，常常根據症狀、病程而定。恰當的治療取決於精確的診斷。診斷IBD一般需要結合內鏡檢查、影像學檢查、病理學檢查等。
雖然IBD的治療藥物不斷湧現，但是仍然有部分IBD患者最後需要手術治療。外科醫生的干預是IBD治療的重要部分，有豐富的IBD治療經驗的外科醫生非常重要。有經驗的外科醫生才能夠準確掌握手術時機、採用正確的手術方法，這對IBD患者的治療效果至關重要。
在IBD的診治過程中，患者和醫生應該詳細討論所有的藥物治療手段和外科手術方式。患者閱讀相關的醫學讀物可以增進對最新藥物和手術治療的瞭解。
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