近期一項研究表明，影響肝門部膽管癌處理方法的主要因素有診斷的確定程度、患者的一般狀況、肝臟功能儲備以及疾病分期情況等。對於阻塞性黃疸患者，Child—Pugh評分對肝儲備功能的評估並不準確，常需3D評估來加以確認。有研究認為，術前3D評估可改變33％的複雜肝切除手術的設計Ⅲo，優化手術過程，改善患者預後。儘管近幾十年肝門部膽管癌的診治已取得較大的進步，但據報道患者術後的病死率仍很高。其中最常見的術後併發症有出血、肝衰竭、膽漏、膽道出血、感染併發症等。
隨著影像學技術的發展和手術方式的轉變，肝門部膽管癌的診斷和治療取得了很大進步。雖然其切除率並不很高，但由於提供了唯一可能治癒疾病的機會，故對手術切除仍應採取積極的態度。目前肝門部膽管癌的手術方式主要取決於Bismuth分型，而是否達到根治性(R0)切除仍然是決定患者能否長期存活最重要的因素。
1、根治性切除：肝門部膽管癌區域性浸潤能力強易侵犯膽管、肝動脈和門靜脈，也易沿神經纖維、淋巴管轉移，即使T1期患者也有將近1／3會出現神經纖維侵襲現象。故有學者認為應該避免行單純肝外膽管切除，因為其增加了R1和R2切除的可能性，無益於淋巴結的清掃，嚴重影響患者的生存期。通常認為根治性切除應包括肝外膽道切除，肝十二指腸韌帶內血管“骨骼化，廣泛切除十二指腸韌帶上的纖維脂肪組織、神經、淋巴，必要時切除一側肝葉，並行膽管空腸吻合。肝門部膽管癌患者早期出現的淋巴結和神經浸潤會嚴重影響患者的生存率。進展期肝門部膽管癌多有尾狀葉的浸潤，故當腫瘤侵犯了匯合部或左、右肝管時均應聯合尾狀葉的切除。因為尾狀葉被認為是腫瘤復發的常見部位，是影響患者長期生存的主要相關因素之一。最近的一項關於127例患者的研究顯示，聯合尾狀葉切除的患者總生存期是64個月，而沒有進行尾狀葉切除的患者是34．7個月。
2、擴大根治術：擴大根治術通常是指需聯合部分肝切除或胰十二指腸切除的術式。近年來聯合肝切除的術式被廣泛應用，據報道根治性切除率可達到60％～80％。其中聯合左三葉和右三葉切除相較擴大半肝切除可獲得更高的陰性切緣率，但與此同時也增加了術後肝衰竭及小肝綜合徵的發生風險。有研究證實，行大範圍肝切除術的患者，術後小肝綜合徵的發生率可達到1％一5％，並往往導致肝衰竭甚至是患者死亡。常規的預防措施主要包括術前行膽道引流及門靜脈栓塞，但近年興起的ALPPS即聯合肝實質離斷及門靜脈結紮的分期肝切除術有望成為新的選擇。Vennarecci等。進行的研究表明，對於門靜脈分支受到侵犯而無法成功實施經典兩步法的患者、門靜脈栓塞術後6～9周預計剩餘肝臟體積仍不足或有可能在傳統方法等待期間發生腫瘤快速進展的患者均可考慮行ALPPS以增加根治性切除的機會並降低術後肝衰竭及小肝綜合徵的發生率。當腫瘤由肝管侵犯至胰段管甚至肝總管末端或沿膽管及胰頭後淋巴結轉移時則應行胰十二指腸切除術。但由於引起的併發症和手術病死率較高，有學者認為應避免施行。
3、合併血管的切除與重建：研究表明肝門部膽管癌患者門靜脈極易受到侵犯且嚴重影響患者的生存率，故有學者認為聯合門靜脈的切除和重建可以顯著改善患者的預後和提高根治性切除率。最新的Meta分析結果顯示，聯合門靜脈切除會導致較高的病死率，並且與對照組相比五年生存率差異無統計學意義，反而會引起一些繼發疾病。然而，DeJong等和Hemming等學者認為行門靜脈切除對於改善進展期肝門部膽管癌患者的生存期還是有顯著意義的，故不應作為手術切除的禁忌。Neuhaus等進行的一項回顧性研究結果顯示，門靜脈切除術中行非接觸技術的患者五年生存率為58％，而進行傳統手術的患者五年生存率是29％，故術中應儘量避免觸及腫瘤而造成轉移。關於受累肝動脈的切除和重建目前存在較大的爭議，但多數學者持支援態度。樑雨榮等近期對涉及肝動脈受累的肝門部膽管癌進行了回顧性分析，首次採用胃十二指腸動脈搭橋的方法重建受累長度均≥2cm的肝動脈取得了較滿意的效果。
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