慢性乙型肝炎是由病毒感染引起的，抗病毒是治療的根本，其短期目標是最大限度的抑制病毒複製、保護肝細胞、穩定肝功，長期目標則是減少肝硬化和肝細胞癌的發生，提高病人的工作和生活質量。
慢性乙型肝炎病人出現血清轉氨酶升高以及病毒學檢查陽性就是抗病毒適應證。但由於抗病毒療程長、費用高，所以是否接受抗病毒治療、使用哪種抗病毒藥都需要病人自己作出選擇。
目前公認有效的抗乙肝病毒藥主要有兩大類，一類是α-干擾素，另一類是核苷(酸)類似物。
干擾素的優點是，藥理作用較廣，除了抗病毒外，還有抗肝纖維化、抗腫瘤和免疫調節作用，“大三陽”轉為“小三陽”的可能性比核苷(酸)類似物高，療程比較固定。
缺點是，適應證相對較窄，有自身免疫性疾病（如糖尿病、甲狀腺功能亢進等）、有癲癇、精神病或精神病家族史的病人以及中、晚期肝硬化的病人不能使用，否則會加重上述疾病；副作用相對較多，治療初期會出現發熱、乏力、頭疼、四肢痠痛等症狀，長期用藥可能出現暫時性血小板和白細胞下降等；需要皮下或肌肉注射，藥物需要冷藏儲存。
干擾素又有普通干擾素和長效的聚乙二醇干擾素之分。普通干擾素是隔日注射一次，聚乙二醇干擾素是每週注射一次，療程都是半年到一年。
核苷(酸)類似物的優點是，適應證較寬泛，沒有明顯的毒副作用，每天1片，口服方便，抗病毒作用可靠，藥物不需要冷藏儲存。
缺點是，藥理作用較為單一，有些藥物長期服用可能產生病毒耐藥現象，不能隨便停藥，療程不確定（一般需要2~3年或更長時間）。
目前在我國臨床應用的這類藥物有拉米夫定、阿德福韋酯、恩替卡韋和替比夫定等。這類藥物發展很迅速，在不久的將來還會有新藥不斷出現，病人會有更多的選擇。
是否接受抗病毒治療、選用哪種抗病毒藥治療應認真考慮以下幾個因素：
1、藥費來源、家庭經濟實力能否保證完成全療程治療？
2、干擾素需要冰箱冷藏、需要注射給藥。你有沒有儲存條件？注射給藥是否方便？
3、短期內是否需要婚育？因為抗病毒藥有致畸作用，可能導致胎兒畸形，所以治療期間是不能生育的。
4、能否耐受藥物（主要是干擾素）可能出現的毒副作用？
5、對藥物價效比（即：療效和藥費的比值）的認可程度如何？有些藥物價格貴，但療效好，你能否接受和認可這種價效比？
對於上述兩大類藥物，病人應根據各自的情況選擇。對病史較長、有肝癌家族史、又沒有干擾素使用禁忌症的病人，最好是能接受一個療程的干擾素治療，以降低肝癌的發生率。不能或不方便使用干擾素、或使用過但療效不好的病人則應選用核苷(酸)類似物。
目前不主張干擾素和核苷(酸)類似物聯合應用，因為聯合應用並不能提高療效。不主張兒童使用核苷類藥物，以免藥物可能對孩子的生長髮育產生潛在的危害。
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