乾眼病因繁多，病理過程複雜，眼表面的病理性改變、基於免疫的炎症反應、細胞凋亡、性激素水平的降低以及外界環境的影響是乾眼發生發展的主要因素，然而各因素之間的聯絡或因果關係尚未完全明瞭。
目前乾眼的診斷分類標準仍沒有統一， 1995年美國乾眼研究小組提出的分類方法，主要將乾眼分為淚液生成不足型（deficient aqueous production）和蒸發過強型（over evaporation）兩種型別。前者是由於淚腺疾病或者功能不良導致的乾眼，即為水樣液缺乏性乾眼（Aqueous tear deficiency, ATD），又可分為Sjogren綜合徵所致乾眼（Sjogren’ syndrome，SS-ATD）及非SS-ATD。後者主要指瞼板腺功能障礙（Meibomain gland dysfunction, MGD）
ATD病因複雜，可以表現為原發性疾病，如可能與自身免疫淋巴細胞浸潤淚腺和唾液腺有關，病毒感染（EB病毒、HIV病毒）可能也有相關性，因為在單核細胞增多症和HIV感染者中觀察到ATD的發展迅速。ATD也可能是其他危險因素如眼部感染、外傷、服用藥物、手術、內分泌紊亂等繼發引起，如沙眼或眼化學傷引起的結膜瘢痕可以直接堵塞上方穹隆部的淚腺管開口，從而使淚液分泌減少。此外，ATD常伴有許多原發性疾病如：Riley-Day綜合徵、先天性無淚症、淚腺缺乏、外胚層發育不良、Adie綜合徵等。
由於乾眼的病因複雜，各種影響相互交織，因此有學者主張將乾眼根據淚液缺乏成分分為以下四種類型：水樣液缺乏性、粘蛋白缺乏性、脂質缺乏性、以及淚液動力學（分佈）異常性。乾眼的分類並不是相互完全獨立的，實際上，它們的分類常常交叉,甚至同時存在，很少單獨出現。
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