抗凝治療是下肢靜脈血栓治療中應用最早且最廣泛的方法，抗凝本身並不能使已形成的血栓溶解，但它能抑制血栓的蔓延，配合機體自身的纖溶系統溶解血栓，從而達到治療的目的，同時它能有效地減少肺栓塞的發生，在肺栓塞防治中有著舉足輕重的作用。其他手術或非手術治療方法一般均應同時用抗凝治療作為輔助治療。抗凝治療的時間可貫穿整個病程，一般需1～2個月，部分病人可長達半年～1年，有的甚至需終生抗凝。但下列情況禁用抗凝治療：消化道潰瘍者、肝、腎功能嚴重不全者、近期發生腦出血者、流產後、先天性凝血因子缺乏者等。
（1）肝素
最常用的抗凝藥物，其抗凝作用主要是通過增加抗凝血酶Ⅲ（ATⅢ）的活性，抑制血栓形成。肝素起效快，半衰期短，在體內作用穩定。肝素水溶劑主要為12500U/支，相當於100mg。給藥途徑有靜脈注射和皮下深脂肪層注射2種，肌肉注射易發生注射部位血腫，不宜採用。皮下深脂肪層注射方法較簡單，但體內肝素濃度不易精確控制，注射部位一般選擇腹壁皮下。靜脈注射方法利用微量泵持續靜脈給藥，此法肝素作用快，劑量容易控制，體內肝素濃度較穩定，容易調節，是較理想的給藥方法。具體方法是先靜脈一次性注射肝素50mg即6250U，使肝素體內濃度快速達到峰值，然後將肝素稀釋液（肝素200mg即25000U溶於5％葡萄糖鹽水500ml）以30ml/h靜脈持續滴注。但有下列情況時肝素用量應減小至20ml/h：2周內作過手術者；2周內有腦卒中者；血小板計數
肝素的劑量個體差異很大，因此需根據實驗室監測，隨時調節肝素的用量。目前最常用的肝素監測指標是部分凝血活酶時間，用藥期間aPTT控制在正常對照的1.5倍或正常值的上限。APTT首次檢測是在肝素6250U靜脈注射後，以後每4～6小時檢測1次，待穩定後可每12小時檢測1次。
肝素的常見副作用包括：A.出血，用藥期間出現皮下瘀點、瘀斑應引起重視，如出現血尿、消化道出血，則應減少或停止用藥，出血量大時，可用魚精蛋白按1：1的比例靜脈注射，對抗肝素的抗凝作用。B.血小板減少症，可能與肝素引起的體內自身免疫反應有關，發生率在1％～2％，表現為血小板計數減少，嚴重時出現動脈、靜脈內廣泛性血栓形成，致使病人死亡或殘肢，應引起臨床高度重視。用肝素期間應注意檢測血小板計數，如在用藥時出現血栓蔓延或有新的血栓出現，應考慮此併發症，並立即停藥，改用水蛭素或選擇性抗凝血酶藥阿加曲班。C.骨質疏鬆症，當長期使用肝素時，可能會引起骨質疏鬆，甚至導致椎體或長骨骨折。
（2）低分子量肝素：如前所述，低分子量肝素較肝素有很多優越性，由於它主要針對Ⅹa因子，因此它在抗凝的同時，出血的危險性大大降低。其良好的組織吸收性、長半衰期，使用藥方法變得簡單，用藥次數也較肝素減少。市場上銷售的低分子量肝素有幾種，各種產品的成分和用法各不相同，不能一概而論。其共同點都是皮下注射為主，下肢深靜脈血栓形成時，每12小時注射1次。
使用低分子量肝素一般無需實驗室監測，但與肝素一樣，低分子量肝素也能引起血小板減少症，雖然其發生率較肝素低，但檢測血小板計數有助於早期發現此併發症。
由於低分子量肝素使用較肝素安全，因此目前其在臨床上應用越來越多，並有逐漸替代肝素的趨勢。
（3）華法林：華法林作為口服抗凝藥在臨床上已得到長期應用，作為口服制劑，華法林成為門診抗凝治療的首選藥物。華法林在體內起效慢，一般在服藥2～3天后開始起效，因此臨床上常同時將它與肝素或低分子量肝素一起使用，待華法林達到治療作用時，停用肝素或低分子量肝素。
使用方法：首日7.5mg口服1次，第2天改為5mg口服1次，第3天2.5mg/d，口服，此劑量根據凝血酶原時間（PT）調整。一般開始每週檢測PT2次，將INR值控制在2～3，後改為每週檢測1次，逐步過渡到每月檢測1次。下肢深靜脈血栓病人華法林的用藥時間一般至少2個月，如有過肺栓塞史，華法林用藥時間可延長至1年。
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