骶管囊腫其實就是生長在脊柱內的一種囊性改變，也不是一種腫瘤性質的改變，也不用區分良惡性，並且生長得很慢，有的情況下甚至不產生任何明顯的臨床症狀。因此對於其治療來講，一定要審慎。
一般情況下，如果患者沒有明顯的臨床症狀，或者是僅有輕微的臨床症狀，可以先通過口服藥物的方式進行緩解，或者是可以先暫時觀察。比如每隔三個月進行相關的複查，如果確實在這三個月以後，出現了明顯的增長趨勢以及明顯的臨床症狀，那就需要通過外科手術的方式進行治療。比如出現了腰腿的劇烈疼痛，並且間歇性的跛行，應用藥物的方式不能進行改善，嚴重影響到了日常生活和工作，下肢出現肌力下降以及感覺的減退、會陰部的疼痛、大小便的障礙等，如果出現這些情況，需要外科的方式進行治療。
外科手術的大體過程是，顯微鏡下將囊腫修剪成型，切除囊腫壁，保護神經根，然後找到腦脊液的瘻口，進行縫合關閉，或者是重新塑形。
手術之後，一般情況下都是採取頭低臀高的俯臥位，然後傷口用沙袋加壓，一般一週以後就可以下地活動。
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