治療小關節紊亂的辦法主要是保守治療，保守治療包括姿勢矯正，手法推拿和功能練習等。
小關節綜合徵可由外傷引起，例如頸部的頸部受傷。異常姿勢會使脊柱組織（包括小關節）過載，並導致這些關節發炎和疼痛。更常見的是，頸椎、胸椎和腰椎的退行性變化可導致異常的壓力和緊張，這導致小關節上的載荷增加。最後造成小關節的紊亂問題。對於小關節綜合徵，大多數保守治療，通過休息、放鬆肌肉等糾正小關節紊亂。也可通過手法有經驗的醫生推拿按摩，起到立竿見影的效果。治療通常與一系列抗炎藥物相結合，以減少炎症。
當保守治療無效時，使用類固醇藥物進行小關節注射可以減少小關節疼痛。這可以使用X射線引導安全地進行，這能很好地找到紊亂關節，進行安全的注射藥物。這種藥物注射到小關節周圍能很好地消除炎症，治療疼痛不適。
如果通過注射暫時改善或解決小關節疼痛，可以建議進一步的治療選擇，這就是手術治療了。例如射頻消融。這類微創的治療措施，能幫助消除導致小關節紊亂的各種不利因素，恢復小關節周圍正常的狀態。
對於小關節紊亂的治療注意首先進行保守治療的辦法，在保守治療不能發揮作用後才選擇手術。
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