支原體和衣原體均為區別於細菌和病毒的微生物，某些型別對人體有致病性，二者存在一些差異。
從生物學的角度來講，支原體和衣原體的主要區別在於支原體沒有細胞壁，而衣原體有細胞壁，因此青黴素等抑制細胞壁生成的藥物，對於支原體感染無效，但可用於治療衣原體感染，另外，支原體在形態上也比衣原體小一些。
二者的種類都比較多，可致病的支原體有五種，包括人型支原體和肺炎支原體等，感染後可導致人患上呼吸道感染及泌尿感染等疾病，而常說的衣原體為沙眼衣原體，感染後會使人得沙眼、鸚鵡熱及泌尿感染等。
兩者在生物學構造上有較大區別，是不相同的兩種微生物，但感染後可誘發的疾病有許多相似處，人體可同時感染這兩種微生物，也可單獨感染其中的一種。在治療時，用藥方面有一定差異，支原體多服用四環素類或大環內酯類藥物，衣原體感染多使用抗生素治療。
支原體和衣原體的主要區別在於其生物學上的構造和可誘發的疾病，治療的藥物也有差異。
注：此資訊源于網路收集，如有健康問題請及時咨詢專業醫生。