橋本甲狀腺炎是自身免疫性甲狀腺炎的一種，大多預後良好，主要以對症治療為主，但有自然發展為甲減趨勢，會經歷一個先甲亢後甲減的過程，不同時期需要不同的藥物治療。常用的藥物有：
β受體阻滯劑：臨床上常用心得安，全稱為普萘洛爾，主要針對甲亢期間甲狀腺毒症所導致的心動過速等併發症。
抗炎藥物：主要用於緩解甲狀腺炎症與疼痛，輕症者僅需應用非甾體抗炎藥，如布洛芬、阿司匹林、吲哚美辛等，中重症患者可用糖皮質激素類藥物，如潑尼鬆。
左旋甲狀腺素：主要用於激素替代治療，主要成分是甲狀腺激素，一般用於甲減期治療。
手術治療：對於甲狀腺腫大嚴重的患者，壓迫症狀明顯的患者，藥物治療不能緩解的患者，還可以選擇手術治療，但手術後轉化為終身甲減的機率很大，往往需要終身服藥。
所以，橋本甲狀腺炎具有自限性，臨床一般不需要專門的治療，只需進行對症的處理。
橋本氏甲狀腺炎可以採用中醫中藥進行辨證論治的調治效果會更好，恢復的也會更快。
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