女性懷孕後卵巢分泌的孕酮也會相應的增加，而且孕酮值的多少也能夠有效的反映出是否有先兆流產或者著床不佳的情況。但是孕酮值對於排除宮外孕並沒有太大的臨床意義。因為不管是正常的宮內孕還是異常的宮外孕，在早期孕酮值都有可能會在正常範圍內，因此孕酮的多少對於排除宮外孕沒有大的臨床幫助。
對於宮外孕的排除主要是檢查血HCG，也就是絨毛膜促性腺激素的值以及做子宮附件的彩超檢查來進行排除。如果血HCG值持續不增長，並且在停經6周後用彩超在宮腔內還找不到孕囊，那麼宮外孕的可能性非常大。但是如果孕酮值和血HCG的值持續下降，那麼也有可能是自然流產或者生化妊娠而導致。在彩超下如果在卵巢輸卵管等部位發現孕囊的話，就能過直接確診宮外孕。
有時候，雖然孕酮值不能確定性排除宮外孕，但是，如果孕酮值低於15ng/ml，或者低於5ng/ml，還是考慮有宮外孕的可能，如果孕酮值大於25ng/ml，基本可以排除宮外孕可能。
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