[1]功能性消化不良：是指具有潰瘍病的臨床症狀，但經各項器械檢查上消化道並無消化性潰瘍存在的臨床狀態。患者主訴噯氣、噯酸、呃逆、噁心、嘔吐或氣脹等症狀，中上腹不適感、胃灼熱或疼痛多存在。但疼痛部位多不固定，可因精神因素誘發或加重。症狀可經內科抗潰瘍藥治療而好轉，但鮮能達到完全的症狀緩解。
[2]反流性食管炎：可有心前區或上腹燒灼樣痛、反酸、噯氣，頗似消化性潰瘍，但可伴有吞嚥痛。如併發隔疝，則疼痛往往在進食後仰臥位時出現，而在站立位時消失。
[3]慢性胃炎：可有腹痛、腹脹、燒心、反酸等症狀，與消化性潰瘍的鑑別有一定困難，主要根據胃鏡或鋇餐造影鑑別。
[4]胃癌及胃潰瘍惡變：胃癌的病程較短，病情進展快，患者常伴有消瘦、貧血、黑便等，但很難從臨床症狀來明確，必須依賴鋇餐造影和胃鏡檢查，尤其在胃鏡下行粘膜活檢作病理學檢查。
[5]胃泌素瘤：對於頑固性、暴發性胃十二指腸潰瘍，常規內科治療未能控制者，須考慮胃泌素瘤的可能。泛發性(不僅累及胃十二指腸)與多發性(一個器官有一個以上的潰瘍)潰瘍形成，又是胃泌素瘤的另一特點。血清胃泌素水平高度異常升高，提示胃泌素瘤的診斷。
[6] 慢性膽道疾病：慢性膽道疾病可引起消化不良症狀或右上腹痛，臨床上有時被誤診為消化性潰瘍。B型超聲與X線膽道造影檢查可明確診斷。
[7]慢性胰腺疾病：慢性胰腺疾病雖可有消化不良症狀，但一般不致誤診。但有時慢性胰腺炎也可伴發消化性潰瘍。鑑別較難者為慢性穿透性潰瘍向胰腺穿透所致的慢性胰腺炎，但患者無急性胰腺炎病史，發作時血清澱粉酶升高，而程度上遠遜於原發性胰腺炎。胰腺癌可引起中上腹或左上腹疼痛，但疼痛常於仰臥位時出現或加重，而在上半身前傾的坐位時減輕或消失。B型超聲與CT掃描常能明確診斷。
[8]心臟疾病：冠狀動脈硬化性心臟病患者可於食後出現腹脹等消化不良症狀，但無潰瘍病的節律性，鹼性藥物不能緩解，而擴冠藥物則能緩解。充血性心力衰竭所致充血性肝腫大，可引起肝包膜牽張而出現右上腹痛，但為持續性鈍痛，心力衰竭緩解後疼痛亦消失。心電圖、超聲心動等檢查有助於明確診斷。
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