住院或門診
雙相抑鬱期間自殺/自傷風險是最高的，約15％~19％的雙相障礙患者會發生自殺。因此，決定患者是否住院或門診治療的重要因素包括：自殺危險、抑鬱嚴重程度和有無心理社會支援等。
一線治療
對於未用過藥物的雙相抑鬱患者而言，應該考慮鋰鹽、喹硫平或拉莫三嗪單一治療。鋰鹽血藥濃度應該維持在≥0.8mmol/L方為有效。在臨床上，鋰鹽或丙戊酸鈉常合用安非它酮或5-HT類抗抑鬱藥，對部分雙相抑鬱也是恰當的。
不過，抗抑鬱藥不適用於有快速迴圈病史或有嚴重躁狂病史的患者，除非一線和二線治療選擇都無效。奧氮平合用5-HT類抗抑鬱藥是有效的，特別是伴有精神病性症狀的雙相抑鬱。
如果在一線藥物治療期間患者出現抑鬱發作，不要輕易更改治療方案，可酌情調整劑量觀察，如丙戊酸鈉治療期間出現復發仍應觀察，因為有研究證實其是有效的。不過，如果是非典型抗精神病藥（喹硫平除外）治療期間出現復發，則需參考治療流程考慮修訂治療方案。
二線治療
對二種或以上一線治療藥物單一治療效果不滿意或較差者，可以考慮一線藥物之間的聯合或一、二線藥物的聯合治療。如果是拉莫三嗪合用丙戊酸鈉，則前者必須最小劑量遞增，以避免皮疹等嚴重不良反應的發生。
改良電抽搐治療（MECT）
儘管尚缺乏對照研究證據，但開放研究和臨床經驗表明，MECT或ECT治療雙相抑鬱是非常有效的，並且較藥物治療起效快。雖然因為其可接受性和副反應等而將MECT列為三線治療，但對下述患者仍應作為早期的治療選擇：精神病性抑鬱、病情嚴重和有自殺風險、拒食、拒飲和有醫學風險（軀體狀況差）、妊娠最初3個月者。
心理社會治療
尚無雙相抑鬱急性期治療單用心理社會治療的對照研究，不過，心理社會治療的一些策略常與藥物治療合用來處理雙相抑鬱。合用認知行為治療（CBT）、人際和社會節律治療，以及家庭治療有助於提高療效。如果有條件的話，應該考慮合用，特別是複發性雙相抑鬱患者。
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