HBeAg血清轉換長久以來被認為是一個具有臨床意義的治療終點，但是隨著臨床研究證據的累積，其合理性有待商榷。
一項對於HBeAg自發性血清轉換的患者隨訪研究發現，33％的患者出現CHB的加重，其中發生HBeAg逆轉的患者，肝硬化累計發生更早、比例更大；對於發生CHB加重，維持HBeAg陰性的患者，部分HBVDNA高於檢測值上限水平。一項在亞洲患者中的調查研究發現，大部分肝硬化相關併發症及肝癌在HBeAg血清轉換後發生或持續惡化。可見自發性血清轉換並不意味著疾病進展停止。那麼如果是治療引起的HBeAg消失或血清轉換，情況會有所不同嗎？IFN和聚乙二醇干擾素、LVD/ADV/ETV等多項臨床研究證實約70％HBeAg陽性患者通過短期治療（2年）達到HBeAg血清轉換。而且治療引起的HBeAg血清學轉換存在肝炎復發的危險，如在亞洲研究中有韓國學者報道，LVD治療後發生HBeAg血清學轉換的患者在停藥後一年複發率為52％、二年複發率為55.7％;同時，臺灣學者報道的48周複發率為45.4％、72周複發率為56.3％；印度學者報道6個月複發率為35％。這些肝炎復發後需要接受再次抗乙肝病毒治療。所以如果以HBeAg血清轉換作為治療目標，至少有50％以上的HBeAg陽性患者需要接受超過2年的口服抗病毒治療。還有研究顯示亞洲患者中IFN-a誘導產生的HBeAg血清學轉換和自發性HBeAg血清學轉換之間的累計比率只在初期有差異，且前者不如後者穩定。81％~91％的患者體內用PCR法仍能檢出HBVDNA。最近在2008年APASL上發表的研究資料顯示，治療引發的HBeAg血清學轉換在停藥後48周的逆轉率高於自發性HBeAg血清學轉換，有顯著的統計學差異。這些資料提示，HBeAg血清學轉換不能作為單一的、主要的治療終點。
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