一般來說，單髮結節如果是實性結節，無論有沒有包膜或鈣化及血流異常，超過1釐米就有了外科可以手術的指徵，如果不到1釐米，但超聲顯示結節形態不規則，有鈣化或血流異常，也應該手術治療。如果結節是單純性的囊腫，則可以放寬到3釐米左右再手術，因為再大就會出現壓迫症狀，並可能給將來手術帶來困難和增加損傷機率。另外如果結節是高功能性質的，無論大小都應該手術。
對於多髮結節來講，手術指徵可以放寬一些，如果超聲檢查沒有異常徵象，實性的最大結節可以大於1-2釐米，另外還要看有沒有壓迫症狀，如出現有憋氣或吞嚥困難等話最好早做手術。如其中任何一個結節出現有鈣化或血流異常，就等同於單髮結節，也應該手術。對於正在進行藥物治療者，在治療期間結節不見小反而增大增多或出現變化者應該停藥手術。對於甲亢患者，在內科治療後出現結節也應該手術治療。巨大結節性甲狀腺腫或胸骨後甲狀腺腫都應該手術治療。對於以前做過甲狀腺手術現在復發者來講，是否再次手術也可參考上述指徵。
對於既往頭頸部曾做過放射治療、有甲狀腺髓樣癌或多發性內分泌瘤Ⅱ型家族史、年齡<20歲或>65歲、男性、結節短期內增長較快或突然增大、結節硬而且邊緣不清、結節固定不動、有頸部淋巴結腫大、有聲嘶、咳嗽、吞嚥困難、呼吸困難等症狀者，無論結節大小或多少，都應儘早手術治療。
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