向腔肺吻合術和改良Fontan術是外科治療單心室的主要手術方法。雙向腔肺吻合術又稱雙向Glenn分流術，是指上腔靜脈與同側的肺動脈作端側吻合，使得上腔靜脈血流能流向雙測肺動脈，是功能性單心室較好的姑息手術方法，雙向腔肺吻合術能增加肺血流量從而增加體動脈的氧飽和度，同時不增加心室的容量負荷，為二期改良Fontan手術作為過渡。
改良Fontan手術是包括雙向腔肺吻合術外，通過心房內板障或外管道等方式將下腔靜脈血與肺動脈的吻合，達到全部腔靜脈與肺動脈的連線。改良Fontan手術是治療單心室的終結性手術，是屬於生理性的根治。目前提倡在做改良Fontan手術前先做雙向腔肺吻合術，使得血流動力學逐漸過渡。
改良Fontan手術有嚴格的手術禁忌證，包括明顯心功能不全者，肺動脈發育不良者，存在肺高壓或肺阻力增高者，存在輕中度以上房室瓣返流者，心律紊亂者，年齡小於2歲等。如果存在這些情況，手術死亡率明顯增加。
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