寰樞關節半脫位須與梅尼埃綜合徵、三叉神經痛、腦橋、小腦角病變、急性缺血性腦血管病及侷限性腦梗塞鑑別。
1、梅尼埃綜合徵：為內耳膜迷路積水，表現為發作性眩暈，波動性聽力減退及耳鳴。其特點是耳鳴加重後眩暈發作，眩暈發作後耳鳴逐漸減輕或消失。耳鼻喉科可協助診斷。
2、三叉神經痛：三叉神經分佈區內反覆發作的陣發性短暫劇烈疼痛，而不伴三叉神經功能破壞的表現稱三叉神經痛。為驟然發作的劇烈疼痛，發作時患者常緊按或擦病側面部可減輕疼痛，嚴重者可伴有同側面部肌肉的反射性抽搐，在三叉神經的皮下走形穿出骨孔處，常有壓痛點。
3、腦橋、小腦角病變：表現為眩暈及一側聽力進行性減退，行走不穩。CT或MRI檢查可見病側腦橋、小腦角處佔位性病變，X線攝片可顯示病側聽道擴大，張口位寰樞椎無錯位。
4、急性缺血性腦血管病：急性缺血性腦血管病臨床上又稱短暫性腦缺血血管病，多見於中年以上患者，發作時2分鐘即出現症狀，但多在15分鐘內恢復，無後遺症。表現為對側肢體或面部肌肉無力、癱瘓、麻刺感，或感覺消失，構音障礙；或突然眩暈，或口周麻刺感，雙側肢體感覺異常，或出現共濟失調。
5、侷限性腦梗塞：即腦卒中(俗稱“中風”)，多為中年以上高血壓、糖尿病、心臟病或高血脂患者，表現為一側性頭痛，眩暈、嘔吐，對側身體感覺異常，偏癱，語言不清等症狀。CT、MRI檢查可協助診斷。
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