腎癌預後分析系統則具有良好的操作性，可以將風險分級並預測生存率，也有助於臨床試驗設計和制定隨訪策略。開發使用分子標誌物預後分析系統是腎癌預後分析的發展趨勢。
一.UISS
加利福尼亞大學洛杉磯分校（University of California，Los Angeles UCLA）的科研人員開發了腎癌風險分級系統，即UISS(University of California, Los Angeles Integrated Staging System)。依據腎癌TNM分期（1997）、腫瘤病理分級（Furhman Grade）和ECOG生活質量評分，UISS將腎癌分成5組，這5組患者的預後差異具有顯著性。採用UICC （UCLA Integrated Staging System）分期系統對這些患者進行分層，分為三個不同危險的組即低危險、中等危險和高危險。對侷限性腫瘤而言，低危險組5年存活率為92％；中等組為67％；而高危險組僅為44％。轉移性腎癌患者其3年生存率：低危險組為27％；中等危險組為23％；而高危險組為12％，高危險組生存率的變異性最大。UISS被證明是非轉移腎癌生存率的準確預測因素，但對轉移性腎癌其預測準確性欠佳。UISS的缺點之一是它不能提供具體的可能性的值，而僅能將不同患者區分成低、中、高風險組群。因此相比於其他系統，對於指導治療而言，UISS提供的資訊意義要小一些。
二.SSIGN
2002年梅奧臨床中心（Mayo Clinic）回顧分析了1800多個腎癌病例，開發出一套腫瘤分期（Staging）、腫瘤大小（Size）、腫瘤病理分級（Grade）以及腫瘤壞死（Necrosis）的評分系統（SSIGN）。根據SSIGN分數，可以估計患者1～10年生存可能性。
三.Nomogram
2001年，斯羅恩-凱特林紀念癌症中心（Memorial Sloan-Kettering Cancer Center MSKCC）回顧分析了601例腎癌術後患者，並在此基礎上開發了評估腎癌術後的諾摩圖（POSTOPERATIVE PROGNOSTIC NOMOGRAM FOR RENAL CELL CARCINOMA）。該圖用來預測新診斷的腎癌患者五年無瘤生存的可能性；2005年斯羅恩-凱特林紀念癌症中心（MSKCC）在此基礎上進一步將患者數量增加至833例，並開發了評估腎透明細胞癌復發諾摩圖（NOMOGRAM FOR RECURRENCE OF CLEAR CELL RENAL CELL CARCINOMA）。該圖用來預測腎透明細胞癌患者五年無瘤生存的可能性。以諾摩圖為依據，結合諾摩圖軟體可以使預後分析更精確高效。
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