ATD的再評價近年來對ATD最大的爭議是治癒率較前有所降低。認為可能與普遍食鹽加碘及食物中含碘增多等因素有關。但縱觀ATD使用後的報道及相關研究，ATD治癒率的報道一直有較大差異。導致這些差異的主要因素有：
第一，與藥物治療適應證的選擇有明顯關係。如果不加選擇地採用藥物治療，其治癒率一般都較低，這是由於一部分甲狀腺明顯腫大者，藥物最終治癒的可能性較小。
第二，與治療方法及療程等有關。很早期的研究就已得出了明確的結論，對Graves甲亢的ATD使用需2年以上的長程治療，療程較短、尤其短於6個月的治療肯定持久緩解率很低。療程達2年後也應認真評估後再考慮是否停藥，否則復發可能性大。對於甲狀腺仍明顯腫大、控制甲亢症狀所需要的ATD維持劑量較大、甲狀腺刺激抗體(I'SAb)陽性者，應再延長治療。有觀察認為療程越長治癒率越高，所以更長時間的治療有可能進一步提高治癒率。
第三，與所選擇的藥物有關，臨床常用的藥物為咪唑類和硫脲類，雖然兩者抗甲狀腺作用機制相同，但半衰期及效能均有較大差異。丙基硫氧嘧啶半衰期短，抗甲狀腺激素合成的效能為咪唑類藥物的1/10，儘管臨床上以10倍於咪唑類的劑量使用，但因半衰期短，臨床上實際治療效果仍然較差，丙基硫氧嘧啶的臨床療效要弱於咪唑類。
除了上述因素外，個體化的因素也很重要，如有應激因素存在、過度勞累、生活不規律等。
關於心、肝功能損害等甲亢併發症甲亢如果長期未得到良好控制可發生甲亢性心臟病、心力衰竭及肝功能異常等。此主要因甲亢未能良好控制，與所採用的治療方法無直接關係。除了個別患者存在對ATD的抵抗外，ATD可使絕大部分甲亢患者的甲狀腺功能得到有效控制，由甲亢所引發的心功能異常和肝功能損害均可逐漸恢復。
臨床上的確存在部分患者ATD治療了好多年，不但甲亢沒能有效控制，反而發生了甲亢性心臟病及肝功能異常等情況。發生這些情況的主要原因是這些患者服藥很不規律，又未定期監測，導致甲狀腺功能未能有效控制。如果規律治療、定期監測、適時調整劑量就不會出現上述情況。
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