感染乙肝病毒後，病毒在肝細胞中複製繁殖，血清中可檢出與乙肝病毒感染相關的各種抗原抗體，醫學上稱為乙肝病毒檢查(俗稱兩對半)，常規可檢出的為：表面抗原(HBsAg)、表面抗體(HB?鄄sAb)、E抗原(HBeAg)、E抗體(HBeAb)、抗核抗體(HBeAb)。
其中HbsAg陽性， HBeAg陽性，抗HBc陽性，俗稱大三陽;HbsAg陽性，抗HBe陽性，抗HBc陽性，俗稱小三陽。乙肝大小三陽並不是規範的學術名詞，但在患者中廣泛流傳，大三陽指乙肝病毒處於複製階段，傳染性較大，小三陽則表示病毒已基本停止複製，若乙肝病毒DNA陰性，則基本不再具有傳染性。
近年來發現部分小三陽患者血清中乙肝病毒脫氧核糖核酸(HBV-DNA)陽性，同樣具有傳染性，證明是乙肝病毒出現了變異株。
病毒的標誌與患者的病情是不平行的，病情的輕重與肝功能的好壞一致。幼兒時期感染乙肝病毒的前數年至十餘年間，病毒和機體“和平共處”，血清中表現為大三陽，肝臟的損害通常較輕，有一部分被感染者，尤其是女性被感染者，病毒可長期或終身和機體“和平共處”，稱為“病毒攜帶者”，可以生活到50-70歲以上，沒有明顯症狀，並不一定因肝臟疾病病故，他們主要起著傳染源的作用。
而更多的被感染者在13-23歲，由於機體免疫系統的成熟，能識別受感染的肝細胞而出現清除這些受感染肝細胞的反應，大量病毒被清除，而同時被感染的肝細胞也遭到破壞，此反覆的清除、破壞過程，也就是機體自身的自限性愈復(自愈)過程。若干年後病毒基本清除，血清中的E抗體出現，E抗原相繼消失，也就是從大三陽轉成了小三陽。
遺憾的是，有2/3左右被感染者，其自身的清除反應，不能完全清除肝內潛伏的病毒，病毒的複製、清除、肝臟的修復周而復始地進行，這部分被感染者的未來，則是肝臟不同程度的纖維化，部分病人40歲左右已發展為肝硬化，甚至出現了腹水或癌變，此時儘管轉成了小三陽，也僅僅表示病毒被大多清除但肝臟損害已相當嚴重了。
由此可見，大三陽轉為小三陽若在25、30歲以前完成，對機體來說是完成了清除病毒的過程，肝臟的損害也較輕;而清除反應(肝炎持續活動，轉氨酶反覆升高)持續進行，則40歲前後，對大多數慢性乙肝病人來說，即使轉成了小三陽，也都有了不同程度的肝纖化或肝硬化。
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