乙肝大三陽是指乙肝五項檢查顯示乙肝表面抗原（HBsAg）、乙肝e抗原（HBeAg）、乙肝核心抗體（抗-HBC）三項陽性；而乙肝小三陽是指乙肝表面抗原、乙肝e抗體（抗-HBe）、乙肝核心抗體三項陽性。
因此，兩者主要區別就是大三陽為乙肝e抗原陽性，而小三陽為乙肝e抗體陽性。
乙肝e抗原陽性：乙肝e抗原與乙型肝炎病毒DNA有良好的相關性，乙肝e抗原的存在表示病毒複製活躍且有較強的傳染性，表示患者處於高感染低應答期。
乙肝e抗體陽性：提示病毒複製多處於靜止狀態，傳染性降低，但部分患者任有病毒複製，肝炎活動。但是長期乙肝e抗體陽性者，並不代表病毒複製停止或無傳染性。
綜上所述，大三陽和小三陽的主要區別就是大三陽患者乙型肝炎病毒複製活躍、傳染性強，而小三陽患者乙型肝炎病毒複製處於靜止狀態，傳染性較低。但是，無論大三陽還是小三陽，都提示患者感染了乙型肝炎病毒，都需要謹慎對待、定期複查、積極治療。
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