尿中蛋白含量超過正常範圍時稱之蛋白尿（proteinuria）。蛋白尿是腎臟疾病（尤其是腎小球疾病）最常見，有時是最早出現的臨床表現；此外也可見於某些非腎臟疾病。新生兒蛋白尿主要與以下疾病進行鑑別診斷：
間歇性蛋白尿：是指尿蛋白定量超過正常水平，但並非每次尿檢均異常。間歇性蛋白尿多見於生長髮育較快的青少年，通常會有迴圈系統不太穩定的表現，如體位性低血壓及指端發鉗。
一過性尿蛋白：暫時性或一過性尿蛋白指腎臟正常，但於發熱、心力衰竭或脫水時出現暫時性尿蛋白。運動後也可有暫時尿蛋白排出增多，尤其多見於青少年長距離賽跑、游泳、足球、籃球等運動後，尿中蛋白一過性增多。
乳白色尿：又稱乳糜尿，則如同牛奶一樣呈乳白色。這是由於從腸道上不能吸收糜液，造成乳糜返流進入尿中所致。引起乳糜尿有先天性因素，如先天淋巴管瓣膜功能異常;也有繼發性因素，如常見的絲蟲病及泌尿系統泌膿性感染。
持續性尿蛋白：持續性尿蛋白多為病理性尿蛋白，指尿蛋白不受體位影響，多次檢查尿蛋白均陽性，應進行尿蛋白定量及組成成分的分析，並結合臨床進一步區分。
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