雖然不是100%的病人都在發病時有嘔吐，但大多數病人(70%～80%)均先有嘔吐繼有食管穿孔，所以嘔吐仍為最重要的發病原因。與嘔吐相聯絡的是飲酒，嘔吐的病人多數是過食、飲酒之後發生嘔吐。其他自發性食管破裂的原因有分娩、車禍、顱腦手術後、癲癇等。自發性食管破裂多因增加的腹壓傳導至食管造成，可以在食管遠端成角部，裂口以食管下段多見。因上段以骨骼肌為主不易破裂，中下段則以平滑肌為主，縱形肌纖維逐漸減少，肌層薄，血管神經也少，易破裂。裂口多呈縱形，長4～7cm，在下肺靜脈水平附近。
造成自發性食管破裂的壓力因素並非胃內絕對壓，而是胃食管結合部透壁的壓力差。食管穿孔後，如與胸膜腔不交通(縱隔胸膜未破)，強酸性的胃液、胃內容物以及嚥下的含有大量細菌的口腔唾液，在胸膜腔負壓的作用下，經過穿孔處溢入縱隔，主要引起縱隔感染和消化液對組織的腐蝕，但在後期感染物亦可穿破縱隔胸膜進入胸膜腔，引起胸腔感染。如食管穿孔後縱隔胸膜同時破裂，則以胸腔感染為主要表現。
正常情況下，當嘔吐發生時，胃內壓驟增，食管呈反射性的鬆弛從而排出胃內容物。如果嘔吐動作發生共濟失調，食管上括約肌不能鬆弛或食管某一段侷限性收縮，則胃內容物不能排出，食管內壓力劇增，導致原有區域性抵抗力減弱的食管壁全層破裂。成人自發性食管損傷不經常發生。一旦發生，多累及胸及腹段食管，頸段食管發生自發性穿孔較少見。自發性食管損傷分為三類：1、壁間血腫(不完全穿孔)；2、黏膜撕裂(MalloryWeiss綜合徵)；3、完全性破裂(Boerhaave綜合徵)。在成人中增高腹內或食管內壓力可造成食管損傷，如舉重物、大便用力或腹部受打擊均可發生食管破裂。劇烈嘔吐、食管痙攣或異物，包括食物團阻塞食管，造成食管內壓突然增加，均可發生穿孔。
新生兒亦可發生自發性食管破裂，這種情況很少見。新生兒出生後48h內發生急性呼吸困難應排除食管自發性食管破裂。食管破裂常累及食管全層，大多數病例延伸至右胸腔，其確切機制不明。可能是食管上端有阻塞，使食管內壓力增高造成。分娩時壓迫力傳到充滿羊水的食管。當聲門及咽部關閉時造成食管腔內壓力增高。反流及嘔吐時環嚥肌及食管上端肌層不協調或出生後痙攣可能發生食管內高壓，而導致食管穿孔。
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