藥物治療無效
1、藥物治療反應不佳、發生併發症或者依從性差的患者，應考慮手術治療。
2、對於正接受抗TNF藥物、高劑量糖皮質激素，和/或環孢素治療的患者，考慮到發生術後併發症的風險，推薦行分期手術。但應該根據患者的危險度分層、整體臨床狀態和醫生的判斷作出個體化的決策。
炎症
出現即將發生或已經發生穿孔的症狀或徵象的急性結腸炎患者，通常應手術治療。
狹窄
1、內鏡下擴張適用於有症狀的藥物治療無效的小腸或吻合口狹窄患者。
2、手術治療適用於有症狀的、藥物和內鏡治療無效的小腸或吻合口狹窄患者。
3、內鏡下無法充分觀察的結腸狹窄患者應考慮手術切除。
穿孔性疾病
1、有自發性穿孔的患者需行手術治療。
2、伴腸壁膿腫、腸間膿腫、系膜內膿腫或腹膜後膿腫的患者可採用抗生素治療，伴或不伴經皮穿刺引流。治療失敗時則應考慮手術引流，伴或不伴腸段切除。
3、對於合併腸道瘻管，或已行藥物治療，但仍有區域性或全身性膿毒症症狀或體徵者，應考慮外科治療。
出血
明顯胃腸道出血、病情穩定的患者應行內鏡下檢查和治療，和/或介入治療。病情不穩定的患者應行手術探查。
生長遲緩
藥物治療無效且伴有明顯生長遲緩的青春期前患者應考慮外科治療。
腫瘤形成
1、長期的回結腸型或結腸型的CD患者應該接受腸鏡監測。
2、對於結直腸有惡性腫瘤、非腺瘤性不典型增生相關的病變或腫塊、高度不典型增生、多灶性的低度不典型增生的CD患者，可考慮行全結直腸切除。
3、CD患者的可疑病變(如腫塊、潰瘍)需行組織活檢，尤其是考慮進行小腸狹窄成形術的患者。
技術考慮
1、對於受累腸段需要切除的患者，如果經驗與技術允許的條件下，應當進行腹腔鏡手術。
2、如病變腸段切除後可行一期吻合，由外科醫生決定最合適的吻合方式。
特定病變部位的手術
1、迴腸末端，回結腸，上消化道
2、對於空腸、近端迴腸、末端迴腸,或是回結腸病變需要手術的患者，若沒有發生或沒有即將發生短腸綜合徵，一般應行病變腸段切除術。
3、部分經篩選的有胃十二指腸症狀的患者，可考慮病變部位內鏡下擴張、旁路術或狹窄成形術。
結腸
1、CD急診手術首選經腹結腸切除術及末端迴腸造口。
2、需要擇期手術的直腸未受累的結腸病變患者，如果發生在單一腸段，可進行節段性結腸切除術;而全結腸切除術應用於廣泛擴散疾病。
3、直腸病變需手術的患者，主要進行全結直腸切除術或者直腸切除術加造口。
4、通常不推薦對確診為CD的患者行全結直腸切除術加IPAA。
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