為了更好地診治尿石症，需要對尿石進行必要的分類。
主要的分類方法有：
按照尿石形成的原因，可以將結石分為原發性結石和繼發性結石兩大類。原發性結石一般是指那些由於病程較長、患者沒有明確症狀、各項檢查未能發現明確異常、一般找不到明確原因的結石。在體格檢查普遍開展的情況下，很多原發性結石都是由B超檢查發現的。繼發性結石是指繼發於其他疾病的結石，如梗阻、感染、異物、畸形等。
按照尿石所在的部位，可以將結石分為上尿路結石和下尿路結石兩大類。上尿路結石包括腎結石和輸尿管結石，下尿路結石則包括膀胱結石和尿道結石。
按照尿石的成分，可以將結石分為含鈣結石(如草酸鈣、磷酸鈣、碳酸鈣等)、感染結石(主要成分為磷酸鎂銨和羥磷灰石)、尿酸結石(如尿酸、尿酸銨)、胱氨酸結石及其他罕見成分的結石等。
按照結石的純度，可以將結石分為單純結石和混合結石。前者只含有一種成分或絕大部分為一種成分，但事實上真正的單純結石是很少見的;後者則是由多種成分組成的。
按照尿石的代謝活動性，可將結石分為代謝活動性結石和代謝非活動性結石兩大類。
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