新生兒顱骨缺損如果缺損體積很大，患者可能會出現站立時頭皮塌陷、躺下時腦組織腫脹等症狀，影響外觀。長期顱骨缺損的患者可能會因顱骨保護不完整而出現焦慮和恐懼等心理症狀。顱骨缺損患者由於腦部病變，可能出現癲癇症狀。顱骨缺損大都因開放性顱腦損傷或火器性穿透傷所致，部分病人是因手術減壓或有病顱骨切除而殘留骨缺損。
通常顱骨缺損小於3cm者多無症狀;施行顳肌下減壓術或枕下減壓術後，有肥厚的肌肉及筋膜覆蓋並在缺損區可以形成堅韌的纖維性癒合層，起到原有顱骨對腦的保護作用，在臨床上亦無任何症狀。直徑3cm以上的缺損，特別是位於額部有礙美觀和安全的缺損，常有這樣或那樣的症狀，如頭昏、頭疼、區域性觸痛、易激怒、不安等表現;或者病人對缺損區的搏動、膨隆、塌陷存恐懼心理，怕晒太陽、怕震動甚至怕吵鬧聲，往往有自制力差、注意力不易集中和記憶力下降;或有憂鬱、疲倦、寡言及自卑;或因大片顱骨缺失造成病人頭顱嚴重畸形，直接影響顱內壓生理性平衡，直立時塌陷、平臥時膨隆，早上凹入、晚上凸出;或因大氣壓直接通過缺損區作用在腦組織上，久而久之則勢必導致區域性腦萎縮，加重腦廢損症狀，同時，患側腦室也逐漸向缺損區擴張膨出或變形。
對於新生兒產生顱骨缺損是指先天性的顱骨損傷，是因胚胎其中發育或者骨化障礙，或出生後骨化停止而形成顱骨缺損，缺損區多偏離中線，多數呈對稱性和不對稱，顱骨蓋缺損不引起神經系統症狀。
蝶骨大翼等處缺損則可發生活動性眼突或者活動性眼球內陷，缺損大小自數釐米至十餘釐米不等，較小的顱骨缺損，不需進行手術治療，但缺損區有怒張的靜脈可將血管結紮，缺損大約四平方釐米者以修補為宜，修補時間好在五歲到六歲以後，修補方法和選材同外傷性顱骨缺損。
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