肝內膽管結石的確定性治療是手術切除，優點為：完整切除肝內結石的同時一併解決了伴發的膽管狹窄。然而，對於手術風險高、拒絕手術或者既往膽管術史、結石分佈多肝段的病人來說，膽道鏡取石術(經皮肝膽道鏡取石術或者經T管)是一種可以替代手術的治療方法。
據以往報道此類手段療效確定，但是由於一些臨床試驗報道預後的差異性，膽道狹窄與內鏡取石的預後如完全清除率、複發率、併發症發生率之間的關係尚未明確。
近期的一項 Meta 分析，最終表明狹窄是肝內膽管結石治療後復發的主要原因。肝內膽管狹窄組與非狹窄組的總完全清除率分別為 68.9％、87.8％，狹窄組完全清除率明顯低於非狹窄組。膽管狹窄組與非狹窄組的總體肝內結石/膽道炎複發率分別為 52.4％、27.2％，狹窄組總複發率明顯高於非復發組。完全清除結石組與非完全清除組的總併發症發生率分別為 21.6％、51.1％，完全清除結石組的總併發症發生率明顯低於非完全清除組。
研究結果顯示，內鏡下取石術確實是一項治療肝內膽管結石安全有效的方法，其中膽管狹窄是復發和治療失敗的主要原因，因此初步有必要小心對肝內膽管的狹窄性進行評估。另外，為了完全清除結石，可聯合多種不同的方法如球囊擴張、置放導管等。
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