1、甲狀腺危象：也稱甲亢危象，或迅速發展的甲亢或甲狀腺風暴，是甲狀腺毒症在病情的極度加重、危及患者生命的嚴重合並症。本病不常見，卻是甲亢嚴重的合併症，病死率很高。在Graves病和毒性多結節性甲狀腺腫時可發生。
2、甲亢性心臟病：甲狀腺功能亢進性心臟病是指在甲狀腺功能亢進症時，甲狀腺素對心臟的直接或間接作用所致的心臟擴大、心功能不全、心房纖顫、心絞痛甚至心肌梗死、病態竇房結綜合徵和心肌病等一系列心血管症狀和體徵的一種內分泌代謝紊亂性心臟病。年齡15～73歲，病程長短不一，最長達34年，最短僅有半個月，平均病程10.26年，男性平均病程6.65年，女性平均療程9.15年。
3、甲狀腺眼病：甲狀腺眼病是伴有甲狀腺功能異常的浸潤性和炎症性眼部疾病，主要發生於Graves病人中，也可見於甲狀腺功能正常患者及原發甲減和橋本甲狀腺炎患者。在後者僅有3％病例伴有甲狀腺眼病。
4、甲亢性慢性肌病：甲狀腺功能亢進性慢性肌病是甲亢時神經肌肉的一種常見的合併症。在甲亢突出的表現體重減輕表現中，甲狀腺功能亢進性慢性肌病是起決定性作用的。本症發生於70％-80％Graves病患者中，女性居多。
5、甲亢合併週期性麻痺：甲亢合併週期性麻痺時，血鉀常降低。週期麻痺可以出現在甲亢之前，也可發生在甲亢症狀明顯時或緩解以後，本病在歐美澳等國家少見，而中國和日本均是容易發病的國家。國內報告本症佔甲亢病人的3％左右，中年男性更常見。通常在對症治療及用抗甲狀腺藥以後病情可以緩解。隨甲亢病的復發，週期麻痺可能再度發生。
6、甲亢合併妊娠：本病發病可達0.8％，以Graves病最常見。
7、血白細胞減少：甲亢本身，由於末梢血管的擴張，或甲狀腺激素對骨髓的影響，可以出現末梢血中白細胞相對或絕對的數量減少，臨床可見血清白細胞在正常值的低限，在治療後，隨著甲亢病情的好轉可上升到正常水平。
8、其它併發症：重症肌無力、惡性貧血、白癜風、Addison病、糖尿病、斑禿、類風溼關節炎、腎小球腎炎、硬皮病、紅斑狼瘡、乾燥綜合徵、特發性血小板減少性紫癜、其與自身免疫性甲狀腺炎，其與自身免疫性甲狀腺疾病伴隨的疾病不完全相同。這些併發症在臨床上均不常見。
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