扁桃體是構成Waldeyer咽淋巴環的主要淋巴器官，作為區域性免疫器官，它能產生各類免疫球蛋白，扁桃體中有T淋巴細胞和B淋巴細胞及吞噬細胞，具有細胞免疫和體液免疫的功能。扁桃體在兒童期是有效的免疫器官，對兒童具有保護作用。
一、扁桃體的功能
1、免疫功能
嬰兒出生前從母體胎盤獲得抗體，出生3～6個月內即消失殆盡，而其自身形成抗體的過程，大概在4週歲完成。4週歲以前小兒的扁桃體猶如一“預防注射”部位，對抗原刺激反應的結果是淋巴濾泡增生致扁桃體增生性肥大，是代償功能的表現，不是病態，不應切除。即使肥大影響了呼吸或吞嚥，也只能切除腺樣體和一側扁桃體，以維護“預防注射”的重要功能。4歲以後年長小兒的扁桃體仍是與其他淋巴組織一樣，尤其能分泌IgA對下呼吸道有保護作用。
2、扁桃體還具有吞噬功能
用免疫組化及電鏡檢查反覆炎症發作，或有感染灶或有肥大的三種扁桃體，證實其中存在兩種巨噬細胞，即單核-巨噬細胞及樹突狀細胞。這兩類細胞在淋巴上皮內及上皮之下的分佈密度相似，均具有吞噬外來抗原的作用。
3、扁桃體還具有神經反射功能
人體具有免疫功能的組織與神經系統有聯絡，包括兒茶酚胺在內，至少有數種生理活性物質具有這種聯絡作用。支配扁桃體的自主神經和感覺神經為免疫系統直接向中樞神經系統傳遞資訊的徑路。扁桃體同脾臟和淋巴結等淋巴組織一樣，是受多種神經肽支配。
4、扁桃體對內分泌的影響
扁桃體與甲狀腺關係密切，發炎的扁桃體對甲狀腺可發生毒性影響，引起甲狀腺腫及甲狀腺功能亢進。也有人認為扁桃體病變先直接影響腎上腺皮質及垂體，再間接影響甲狀腺。扁桃體還可能有抑制發育生長的內分泌素，或有調節鈣離子和碳水化合物新陳代謝的作用。
5、扁桃體有消化作用
在生理關係上，扁桃體似應屬於消化系統的器官，在消化過程中，有大量的單核細胞由扁桃體內形成而進入口腔，且有產生吞噬細菌和酶的作用。扁桃體上窩內有waber腺，這是一組管狀粘液腺，由20-25個粘液腺體結構組成，其共用導管分佈至扁桃體包膜，開口於扁桃體表面，其分泌物被認為有助於扁桃體窩內食物殘渣的消化。扁桃體切除術後，患者出現咽乾症狀可能與切除了該腺體有關，此腺體的化膿性炎症亦是扁桃體周圍膿腫的原因之一。
二、扁桃體的壞處
大量的實驗和臨床研究皆證明病灶性扁桃體炎可引起風溼病、心臟病或腎臟疾病等。利用超顯微結構觀察、血清熒光法或放射性同位素檢查也都證明病灶性扁桃體中有超免疫合成。扁桃體已由免疫器官變成超免疫器官，由防禦器官變成為感染侵入門戶和病灶，由於自身抗原刺激引起抗體形成，在區域性造成自身損害在遠處造成其他器官，如心、腎、關節等的損害。有研究通過檢測發現血清IgA1糖基化是扁桃體的IgA腎病的主要發病機制之一。這種扁桃體己經成為對機體有害的病灶，則應儘早手術切除。
扁桃體的免疫作用在2～4週歲的兒童身上表現最為活躍。因此，5週歲以下兒童切除扁桃體要慎重。而人體在4～5週歲以後，顎扁桃體的區域性免疫功能會逐漸被全身體液及細胞免疫所取代。因此，對於扁桃體切除後會不會降低孩子的免疫力這一點不用擔心。此外，無論成人或兒童，當扁桃體引起的病症危害遠遠超過其保護機體免疫力的作用時，就應該毫不猶豫地予以切除。
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