CHB 治療的硬終點(臨床終點)是防止肝硬化、終末期肝病及 HCC 的發生，但 CHB治療是長期過程，需要替代指標來評價治療中的療效和預測患者的臨床結局。目前常用的替代指標為血清 HBV DNA
載量，乙型肝炎抗原、抗體以及生化、組織學改變。
清除 HBV 是抗 HBV 治療中最關鍵的問題，但是目前應用的抗病毒藥物無法徹底清除肝細胞內的 cccDNA，且 NAs是否能夠誘導停藥後的持續治療反應仍不清楚。有資料顯示，NAs 治療至少能部分修復獲得性免疫應答，且 NAs 治療後可獲得 HBsAg 清除，預後良好。
但這一作用僅為暫時性的，相對於 IFN，NAs 治療在宿主持久免疫調節方面的作用較弱。新近一些指南對於 HBeAg 陽性 CHB 和 HBeAg 陰性CHB 患者是否可以停用 NAs 的意見是不同的。對於 HBeAg 陽性 CHB 患者，歐美指南推薦獲得 HBeAg 血清學轉換後，繼續鞏固治療 6-12個月可停用 NAs;而國內指南推薦至少繼續鞏固治療 12 個月。
但是，與 PegIFN 相比，NAs 停藥後 HBeAg 血清學轉換的永續性差，因此，即使獲得 HBeAg 血清學轉換的患者，仍應將 HBV DNA持續控制在低水平。有研究表明，HBsAg 清除 /HBsAg 血清學轉換表現為疾病持續緩解，長期結局改善，認為 HBsAg 清除 /HBsAg 血清學轉換是CHB 治療的理想終點。
縱觀乙型肝炎的自然史，HBsAg 自發清除的患者(0.1-1％)，多數肝功能和肝組織學接近正常，HBV DNA 在最低檢測限以下，HCC發生風險顯著降低，因此，NAs 治療的 HBeAg 陽性 CHB 患者，實現 HBsAg 清除或血清學轉換是最好的停藥指徵。對於 HBeAg 陰性 CHB患者，NAs 停用後一年的複發率高達 90％。
延長治療，治療反應有所提高，但仍有 50％ 的患者在停藥後一年病毒學復發。復發患者病情可加劇和發生肝硬化失代償，因此，HBeAg 陰性 CHB患者，HBsAg 清除 /HBsAg 血清學轉換同樣是停用 NAs 治療的最佳指徵。然而，NAs 治療僅有少數患者獲得 HBsAg 清除，NAs 治療 1年，HBeAg 陽性 CHB 患者 HBsAg 清除率僅為 0％ -0. 3％;薈萃分析顯示，經 NAs 治療的患者需 52.2年才能徹底清除HBSAg。
綜上所述，要徹底控制 CHB 還有很長的路要走。要實現 CHB治癒，需要研製出更多新型有效的藥物，特別是針對病毒生命週期各個環節(包括病毒吸附、侵入、複製，細胞間擴散，病毒抗原蛋白翻譯，病毒粒子組裝，HBV抗原分泌等)研製出高效能的病毒抑制劑以及免疫調節劑(如特異性啟用抗病毒免疫應答、免疫細胞治療、負調控的免疫調節治療等)。
新的治療策略如強效抗病毒藥物和免疫調節劑的聯合應用，將是今後臨床研究的重要方向。
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