系統性紅斑狼瘡發病的主要免疫學機制是免疫功能紊亂。目前多數學者認為，一些外來抗原和內源性抗原作用於免疫功能異常的患者，使B淋巴細胞高度活躍增殖，產生大量自身抗體，並與相應抗原結合形式免疫複合物沉積於腎小球，從而損害腎臟發生狼瘡性腎炎，另外作為內源性抗原DNA與腎小球基底膜結合，並與迴圈中抗DNA抗體原位形成免疫複合物，亦可損害腎臟，一些補體成分的缺陷以及紅細胞和吞噬細胞上某些受體密度減低，對免疫複合物的清除能力下降，可加重免疫複合物在組織中的沉積，從而加重組織的損害。狼瘡性腎炎的高發生率與腎臟血流豐富，及腎組織本身的特殊結構易於使抗原、抗體及免疫複合物沉積有關。
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