手術治療便祕有100年的歷史，但真正需要外科手術治療的屬於少數。而且手術治療有一定的複發率。一般認為只有在嚴格的非手術治療無效，症狀嚴重影響患者的生活和工作，患者又有強烈手術要求的情況下才可考慮手術。
應用結腸切除術治療結腸傳輸障礙型便祕，應嚴格掌握手術適應證：①結腸確實無張力、有通過延緩的確鑿證據；②無出口梗阻的證據；③肛管功能正常；④無明顯焦慮、煩躁抑鬱等心理障礙症狀；⑤無全胃腸道運動失調的徵象。
手術方式選擇及其療效主要有以下幾種：
1、全結腸切除、迴腸直腸吻合術 該手術是治療結腸傳輸障礙型便祕常用的手術方式，有效率一般在50％-100％之間，平均約83％。長期隨訪發現本術式有較多的併發症，最常見的併發症為小腸梗阻，其發生率平均12％；術後約有10％的便祕症狀復發，約有1/3併發難以控制的腹瀉：部分患者術後還會出現腹痛，腹脹和大便失禁等。
2、全大腸切除、迴腸貯袋肛管吻合術 結腸傳輸障礙型便祕患者腸道傳輸功能障礙可能波及直腸，引起直腸排空功能障礙，應行全大腸切除，迴腸貯袋肛管吻合術，有效率平均約80％。到目前為止，該術式應用於治療結腸傳輸障礙型便祕的病例尚屬於少數，而且無長期隨訪資料；另外，該手術後還可以併發吻合口狹窄、吻合口瘻，甚至大便失禁等，部分患者最終不得不行永久性迴腸造口術，故要慎重應用。
3、結腸部分切除術 部分結腸傳輸障礙型便祕患者的腸道傳輸減慢僅限於區域性結腸，尤以左半結腸多見，切除受累腸段治療結腸傳輸障礙型便祕，切除範圍應超過受累腸段，以保證神經節有病變的部分腸段全部被切除，其有效率平均為69％。手術併發症較少，但術後便祕症狀易復發。
4、結腸次全切除、盲腸直腸吻合術 部分結腸傳輸障礙型便祕患者行全結腸切除後常常會併發難以控制的腹瀉，為此對結腸傳輸障礙型便祕患者施行結腸次全切除、盲腸直腸吻合術，保留迴盲瓣，以減少腹瀉的發生；此手術只有在盲腸、升結腸和直腸功能均正常時考慮選用。
5、結腸曠置術 不切除結腸，直接行迴腸乙狀結腸或直腸的端側吻合術 該方法具有操作簡單、創傷小、術後恢復快、併發症發生率低等優點，但曠置已經發生神經肌肉病變的結腸有無意義、曠置結腸的長期變化如何、如出現其他疾病時可能延誤診斷等問題尚無定論。該術式尚需進一步觀察。
6、迴腸造口術 該術式對功能毀損最大、術後生活質量最差，一般難以接受，原則上不採用。
目前，“出口處梗阻型便祕’’的治療，在國內外報告較多，如：恥骨直腸肌綜合徵(PRS)是指排便時恥骨直腸肌異常收縮或不能鬆弛的行為障礙，它易於診斷卻難以治療。肉毒毒素(BTX)對生物反饋治療無效，在超聲引導下對其雙側異常收縮的恥骨直腸肌分別注射30單位肉毒毒素A(BTX-A)。治療後每週自主排便由零次增加為6次。有顯著的症狀改善，它不引起矯枉過正或永久性括約肌損傷，卻能減輕恥骨直腸肌的異常收縮，恢復正常排洩功能。但由於毒素3個月便失去效力，必須重複注射以維持療效。恥骨直腸肌痙攣綜合徵常用的外科手術有恥骨直腸肌後方切斷術和閉孔內肌自體移植術。近期療效尚滿意，術後可立即緩解便祕症狀，但少數患者遠期效果則不盡然。治療直腸前膨出症的直腸前膨出修補術開展較多，其雖有多種手術方法，療效相近，似無太多爭論。直腸內脫垂亦有較多手術方法，近年來，PPH手術的開展為治療直腸前膨出和直腸內脫垂提供了新的方法，目前國內外均有報告，但缺乏遠期療效隨訪。
值得注意的是，很多學者對便祕的外科治療提出了質疑。特別是經外科治療的患者有部分症狀緩解不明顯、甚至無效，個別患者術後症狀反而加重，使很多外科醫生產生了困惑。隨著科學技術的發展，規範診斷和治療，以做到合理檢查、治療，合理利用衛生資源。
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