慢性乙型肝炎的治療已經不太難了。目前治療慢性乙型肝炎的方法，已經不再停留在十餘年前的保肝、降酶和退黃的水平上了，也不再對乙肝肝硬化和肝癌等乙肝相關晚期肝病束手無策了。目前已經有了很好的抗乙肝病毒的藥物，主要是干擾素和核苷類藥物兩大類。
干擾素可以治癒乙肝，但是治癒率很低，大概不超過20%，而且存在副作用比較多、注射不便等問題，只能應用於部分乙肝感染者。自從1998年第一個核苷類藥物-拉米夫定上市至今，已經大大改變了慢乙肝治療的現狀，惠及了全球無數病人，而且還包括乙肝患者的下一代。中國是收益最大的國家，因為我國乙肝病毒感染人數為全球之最。
慢乙肝治療難，其實是民眾尤其是慢乙肝患者及其家屬的期望值過高。臨床實踐中發現，絕大多數病人及其家屬，對於長期服用抗病毒藥物表示不能理解和不能接受，為醫者往往要苦口婆心解釋很久才能做通工作。也許這種心情可以理解，但是如同對比新舊社會的生活水平，可以很形象化地說：今天的抗乙肝病毒治療現狀，已經完全進入了新社會，並步入了“小康”水平。只要在恰當的時機，接受了恰當的藥物治療，並且堅持用藥，超過90%的乙肝病人體內的病毒可以得到抑制，這就極大地減少了包括肝硬化、肝癌和重型肝炎的發生率，乙肝患者的生活質量得到極大的提高。更可喜的是，即使發展為肝硬化，甚至肝硬化失代償了，通過及時和有效的抗病毒治療，也能大大改善病情，甚至有希望逆轉肝硬化。還有，肝癌患者，在接受有效手術或其他干預治療之後，採取了抗病毒治療，能大大提高肝癌患者的存活率。如果非得再做個對比的話，那麼我們可以樂觀地說，慢乙肝的抗病毒治療所帶來的成效，已經遠遠超過高血壓病和糖尿病。這絕非誇大其詞。
當然，慢乙肝治療的難度還是有的。當前面臨的主要問題有二，第一是前面所說的干擾素的種種“不是”;第二是核苷類藥物的耐藥問題，以及出現在少數患者身上的副作用。為了減少耐藥，降低副作用的發生率，我國感染和肝病學者，不僅融入國外先進研究成果，也結合自身實戰經驗和中國實際，分別於2005年和2010年兩次修訂《慢性乙型肝炎防治指南》，以指導基層感染和肝病醫務工作者，合理使用抗病毒藥物，提高藥物療效，正確處理治療過程中出現的各種問題。可以說，出臺指南的意義，已經不亞於抗病毒藥物本身。其也為乙肝治療難，解決了很多實際問題。
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