益生菌一個療程是多久要因病情而定，一般普通的急性胃腸道炎症，口服益生菌5-7天左右就可以；慢性胃腸道疾病菌群失調，可能需要1-2個月。
正常人腸道菌群是均衡的，對維生素等營養物質的吸收有很大幫助。腸道感染等情況下，腸道菌群可能會受到破壞。急性腸道感染造成的菌群破壞是暫時的，可以很快恢復，短期口服腸道益生菌1周左右就可以，主要起到抑制有害細菌的作用，常用的布拉氏酵母菌具有一定的抗炎性。慢性腸道疾病引起的腸道菌群紊亂，需口服益生菌至少1-2個月才可能建立正常菌群，需要依據患者症狀決定治療週期。
健康人腸道菌群處於穩定狀態，不建議長期應用益生菌，以免造成腸道菌群紊亂。
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