慢性乙型肝炎的抗病毒治療，目前有干擾素和核苷類似物的選擇。核苷類似物雖然使用方便，且在一定時期內能較好的抑制HBV的複製，從而抑制慢性乙型肝炎病情的進展，但由於其HbeAg血清轉換率低，短期治療停藥後常導致病毒複製的復發，長時間應用可產生病毒耐藥變異等缺陷，因此，干擾素仍為慢性乙型肝炎抗病毒治療的選擇有一定優勢的藥物，特別是PEG-IFN。
慢性丙型肝炎治療的目標獲得持續病毒應答。干擾素在慢性丙型肝炎的抗病毒治療與抗慢性乙肝病毒不同，因為HCV在胞漿內複製，干擾素誘導的細胞內抗病毒蛋白機制病毒複製的作用要強於乙型肝炎病毒，但病毒的清除仍依賴於細胞病毒複製的抑制和特異性免疫對病毒感染細胞的清除。只有細胞內抗病毒作用而細胞免疫功能不足，則與核苷類似物治療慢性乙型肝炎相似，停藥後復發，而只有細胞免疫應答沒有細胞內病毒複製的抑制，複製的病毒可以重新感染其他細胞，則使病毒感染細胞很難清除，因此，在慢性丙型肝炎的抗病毒治療中，干擾素在無禁忌的情況下必須聯合利巴韋林，因為利巴韋林可以增強細胞免疫，在治療中通過降低複發率而提高持續病毒應答，在慢性丙型肝炎的抗病毒治療治療中，PEG-IFN 聯合利巴韋林是當前的標準治療方法。
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